江户幕府开幕后,朱子学作为日本幕府官方指定显学,始终在日本思想文化层面占据主导地位。在江户中前期,出现了林罗山、中江藤树等众多崇尚中国儒学的知识分子,他们在政治上以中国为楷模,思想上以儒学为标杆,同时具有较强的自我意识。到了“海禁时代”,西川如见、新井白石、荻生徂徕等人则成为日本当世儒学研究的执牛耳者,他们普遍对中国以及中华文明有着崇拜之情,但是已经开始主动批判“华夷秩序”,并将目光投向日本自身文化优势的发掘,从而寻求自身的“特殊性”。明清交替后,“华夷变态”的概念开始在日本流行,这一时期出现的以朱子学为思想核心的儒学家,如熊泽蕃山、雨森芳州等人虽表面以儒学为外衣,但实质上他们学术探讨的重心更加偏向于追求日本文化的“独特性”甚至“优越性”,从而“变夷为华”,摆脱一直处于东亚文化圈边缘的地位。虽然江户时期的儒学家一直没有放弃对本国文化独立性的阐述,但始终未能突破东亚国际秩序中的“华夷框架”来叙述问题。而后起之秀“阳明学”,融合了日本民族精神的内核,发展为“水户学”,其“尊皇”、“务实”的特点被幕末众多藩国作为改革的指导思想,而在其思想指导下成立的“后期水户学”更是为“尊王攘夷运动”提供了系统的理论来源。西方势力染指亚洲,给予中日两国空前的冲击。面对屡屡战败,被迫开港的中国,日本人开始重新审视中国。江户幕府中后期,阳明学逐渐取代朱子学的地位,一定程度上推动了幕末运动的发展。这一时期,除唐船风说书及南蛮学以及后来的兰学传入日本外,《海国图志》作为近代以来日本人了解中国了解世界的又一重要途径,对日本社会的变革与日本人思想的变迁产生了深远的影响。随后日本派遣使节到中国考察,其中1862年日本“千岁丸”号驶抵上海,对中国进行了记录与观察这一事件最为典型。而其他诸如思想家、维新志士、诗人等也将在中国的见闻写成游记或诗文,传入日本国内,使得日本人对中国的认识产生了由崇敬到蔑视的剧变。明治政府建立后,日本国权思想空前膨胀,民族意识扭曲发展,出现了以福泽谕吉“脱亚入欧”为代表的一系列思潮。并以此为基础,衍生出“民族扩张”、“征韩论”等一系列对外扩张思想。这一系列的变化为东亚格局重组拉开了序幕。