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常州市作为太湖流域重点市区之一，随着城市化进程的加快、配套水环境设施滞后、河道淤积、河水滞留现象严重，致使城区的水生态和水环境严重恶化，成为城市水环境质量改善的难点。（1）通过现场实地调研，选择常州市骨干河道北塘河、断头河浜柴支浜南支、连通河道通济河、三井河及示范区上游1点共13个采样点作为主要生态监测区域。（2）应用PCR-DGGE分子生物学技术，对水中的微生物进行群落结构分析，结果共得到101条清晰条带，分别对其进行切胶、回收和测序。测序结果显示：前后1年微生物优势种群发生了明显的变化，Tolumonas sp.、Rheinheimera sp.、Mycobacterium sp.、Haliscomenobacter sp.、Polynucleobacter sp.、Chlorella sp.为2013年11月监测新出现属。（3）通过卫生学标准，监测河道中细菌总数，考察有机物污染的程度，结果显示：冬季细菌总数明显多于其它季节，这与水质指标的监测结果相对应，冬季污染物含量相对较高；参照点相比于其它河道细菌总数相对较少，但微生物物种繁多，较为清洁，而断头河浜柴支浜南支6#、7#细菌总数最多。（4）根据植物志对濒岸及岸坡植物进行分类鉴定，判定了濒岸及岸坡植物的优势种、天然种及人工种植种，明确了植物多样性对水质的改善无明显促进作用。（5）对水中鱼类进行分类鉴定，通过相对重要性指数确定鲫鱼、麦穗鱼、餐条、贝氏餐、乌鳢、鳊鱼为重要种，似鳊为常见种，飘鱼、高体鳑鲏、青鱼、翘嘴鮊、鲤鱼为一般种，而大鳍鱊、黄鳝、草鱼、泥鳅、达氏鲌、长蛇鮈为少见种。各采样点的多样性分析结果显示，1#丰富度指数最高，可达1.764，物种相对丰富，其多样性指数和均匀度指数也处于较高水平，与分类鉴定结果相呼应。（6）对于微生物量与水质的响应，用DNA浓度间接代替微生物总量开展研究，断头河浜柴支浜南支6#、7#点微生物总量最多，同时该点对应的水质指标NH4+-N、TP、TN、CODMn的监测值也均处于较高水平，DNA浓度趋势与各水质指标的变化趋势大致相同，从而说明微生物总量与水质具有较好的响应关系。鱼类多样性与水质指标的相关性分析表明：悬浮物与鱼类的丰富度指数、多样性指数呈显著正相关，而其它各水质指标与鱼类多样性呈负相关。