基于生物信息学分析的胃腺癌淋巴结转移相关基因的筛查及初步验证

来源 :哈尔滨医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yaoyanfeiyu
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背景及目的:淋巴结转移是影响胃癌预后的重要因素之一。目前,国内外尚无准确判定胃腺癌患者术前淋巴结转移风险的可靠因素。因此,我们采用生物信息学分析的方法筛选与胃腺癌淋巴结转移相关的基因,并进行实验验证。方法:本研究搜集了TCGA数据库中胃腺癌186例及正常胃组织33例的基因表达芯片数据,采用SAM方法筛选与淋巴结转移相关的基因并进行DAVID功能注释及GO和KEGG通路分析;将筛选出的基因应用qRT-PCR技术和Western-blot技术在30对胃腺癌组织及癌旁正常胃组织中进行验证;进一步在336例胃腺癌组织及33例正常胃组织中检测MDM4和MDM2的表达情况,并进行临床病理因素及预后分析。结果:生物信息学分析结果显示MDM4与胃腺癌淋巴结转移相关,MDM2与胃腺癌淋巴结转移不相关,但与胃腺癌的发生相关;qRT-PCR和Western-blot结果均显示MDM4在淋巴结转移阳性的胃腺癌组织中m RNA和蛋白水平均高表达,在淋巴结无转移的胃腺癌组织中MDM4表达与正常胃组织无差异;而MDM2在胃腺癌组织中高表达于正常胃组织中,但与是否淋巴结转移无关。进一步在336例胃腺癌组织及33例正常胃组织蜡块中检测MDM4和MDM2的表达,结果显示癌组织均高于正常组织,MDM4与淋巴结转移相关,而MDM2与预后相关。结论:应用生物信息学分析的方法筛选与胃腺癌淋巴结转移相关的基因,结果可靠;MDM4与MDM2在胃腺癌组织中高表达于正常胃组织;MDM4表达与胃腺癌的淋巴结转移相关,MDM2表达与胃癌腺的预后相关。
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