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目的:明确胃内微生态变化与胃粘膜病变之间的关系,以及幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染与胃粘膜病变和胃内菌群之间的关系,从而寻找判断胃粘膜病变的差异微生物标志物,为胃粘膜疾病的预防和治疗提供新的思路。方法:收集慢性非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、消化性溃疡患者胃窦、胃体粘膜活检组织,提取细菌总DNA,利用细菌特异性引物以样品细菌总DNA为模板进行16S r RNA全长扩增,在Pac Bio SMRT测序平台对PCR扩增产物进行三代测序。数据质控合格后进行OTU聚类、分析、物种注释;通过绘制Observed曲线、Chao 1曲线、Shannon曲线、Simpson曲线、Rank Abundance曲线进行样品α多样性分析;通过主坐标分析及非度量多维尺度分析比较菌群结构β多样性;利用LEf Se分析找出三组间显著差异性菌株;根据优势属在不同组别中的丰度,建立胃部优势物种共发生网络图。所有数据均录入Epidata数据库管理。结果:利用Epi Data 3.1软件建立了胃部疾病胃粘膜菌群标本库,共收集胃窦、胃体粘膜活检组织样本145例,对所有样本进行细菌总DNA提取、PCR扩增、测序前处理、三代测序,测序后数据质控,得到合格样本41例。其中慢性非萎缩性胃炎21例样品(胃窦组织13例,胃体组织8例;Hp阳性13例,Hp阴性8例)、慢性萎缩性胃炎12例样品(胃窦组织9例,胃体组织3例;Hp阳性9例,Hp阴性3例)、消化性溃疡8例样品(胃溃疡3例,幽门管溃疡1例,十二指肠球部溃疡4例;Hp阳性7例,Hp阴性1例)。测序数据进行生物信息学分析。样本间α多样性分析提示本次实验的样本量及测序量均可满足后续实验数据分析要求。对三组患者的胃粘膜菌群进行α多样性比较,在抽取测序量相同时,消化性溃疡菌群丰度、多样性和均匀度均低于慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎。将OTU注释到各分类水平,共有30个门、200多个属、300多个种被鉴定出来。在门水平上,所有胃粘膜样品的优势菌门分别是:变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门。在门水平上,消化性溃疡患者胃部菌群优势门明显少于慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎。在属水平上,随着胃粘膜炎症加重,胃部菌群优势菌属逐渐减少,螺杆菌属丰度逐渐增高。在种水平上,慢性非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎和消化性溃疡分别鉴定到220个、122个和49个种,消化性溃疡患者的胃部菌群在种水平上明显减少,以幽门螺杆菌占绝对优势。对菌群结构进行β多样性分析,消化性溃疡与慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎组间的细菌群落结构显著不同,而慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎、胃窦和胃体、Hp-和Hp+组间的细菌群落结构均无明显差异。利用LEf Se软件分析发现三组间共有41个菌株显著不同。共发生网络图揭示了一个复杂的胃部微生态互作关系。结论:与肠道微生态类似,胃内也是一个复杂的微生态系统,生态系统内物种通过相互作用维持胃部微生态的稳定;随着胃粘膜病变严重程度加重,胃内菌群的丰度和多样性呈逐渐下降趋势;消化性溃疡患者胃内菌群在种水平较慢性胃炎组明显减少,幽门螺杆菌占绝对优势;随着粘膜炎症程度逐渐加重,胃内有益菌株逐渐减少,口服补充益生菌为预防及治疗胃粘膜病变提供新的治疗思路。