本文研究的对象是当前中国推动预算绩效大环境下的基础科研项目的预算绩效管理问题。中国经济刚刚经历了一个高速增长期，基础研究科研经费的投入也前所未有的高速增加。然而科研经费管理制度体系的滞后引发了许多不合理的现象，甚至引发了科研经费滥用。预算绩效的引入是加强基础科研经费管理的重要工具，但是基础研究的特性和价值决定了基础科研项目不完全能够按照普通公共产品为出口的项目方式进行绩效管理。本文以中国科学院战略性先导科技专项绩效管理为例，分析了国内现行的预算绩效管理框架体系、评估过程和评估方法三个层次的情况，发现虽然我国努力以绩效为导向对基础科研项目进行管理，但是各个层次上，包括管理理念的都存在着不足。同样从这三个层级上，以科技成就最为发达美国科研绩效的做法进行比较，发现国际上的科研绩效管理的理念上、结构上和具体做法都和我国有着不同。通过引入值得借鉴的理念和做法，本文提出如果需要贯彻以预算绩效管理基础科研项目，从预算绩效管理框架体系上，首先在外部必须建立独立的第三方专业评估机构，与项目的具体实施单位平行对项目按节点进行管理，项目的管理和评估都并健全信息公开制度，从外部对项目的实施施加压力。从内部的组织管理结构上，项目管理需要在强化项目承担单位的内控制度，落实激励制度的基础上，适度放松行政管理力度，减少项目在内部管理上的内部反复评价，减轻科研人员额外汇报的负担，而是从过程管理的角度保障科研经费使用的合规性。从评估过程上，建立与外部评估相适应的的评估节点，大型项目需要考虑实施后评估，并且提倡专家与一线科研人员进行交流，实施现场考察。从评估方法上，对任务评估要继续使用定性为主定量为辅的评价方式，对经费评估要建立信息化的跟踪评价方式，对照任务书的任务考核必须考虑到基础研究项目的特性；重大项目经费审计时，注重对任务承担单位的经费的信用情况，减少对独立项目具体费用的僵化评价。