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目的:利用条件性错误发现率(condFDR)和联合条件性错误发现率(conjFDR)分析方法,对抑郁症和失眠症的全基因组关联数据进行统计分析,识别并鉴定抑郁症和失眠症显著关联的多效性遗传变异位点,发掘两者之间共同的遗传学基础。方法:对来自公开数据库的全基因组关联数据进行分析,其中抑郁症全基因组关联数据来自精神疾病遗传学联盟(PGC),共包含246363例抑郁症患者和561190例正常对照,失眠症全基因组关联数据来自睡眠障碍知识门户,共包含1331010例受试者。分析流程包括:(1)通过构建不同阈值下的条件性分位图,全基因组范围内比较抑郁症和失眠症重叠单核苷酸多态性位点的关联程度,评估两种疾病之间遗传多效性位点的富集程度;(2)分别以抑郁症和失眠症为参考条件,利用条件性错误发现率分析方法,计算另外一种疾病的关联程度,以发现两种疾病的易感位点,并采用通路富集分析检验易感位点的生物学功能;(3)利用联合条件性错误发现率分析方法,鉴定与抑郁症和失眠症同时显著关联的多效性遗传位点,并对所发现的易感位点进行染色体位置和所在基因进行注释。同时,采用基因功能注释和通路分析方法,进一步探索所发现的易感位点的生物学功能。结果:1.分层条件性分位图及条件富集图结果表明,抑郁症和失眠症之间存在显著的遗传多效性富集现象。2.利用条件性错误发现率方法,以condFDR<0.01作为显著性阈值,共鉴定出21个易感位点和抑郁症显著关联,其中有17个新的遗传变异位点,通路富集分析结果显示这些易感位点富集于突触传递相关通路,包括突触后膜的固有成分(intrinsic component of postsynaptic membrane,GO:0098936;P=1.07E-04;FDR=2.35E-03)、突触膜的组成部分(integral component of synaptic membrane,GO:0099699;P=2.17E-04;FDR=2.38E-03)、突触后致密膜的固有成分(intrinsic component of postsynaptic density membrane,GO:0099146;P=7.92E-04;FDR=5.76E-03)、突触后特化膜的组成部分(integral component of postsynaptic specialization membrane,GO:0099060;P=1.48E-03;FDR=5.76E-03)、突触后致密膜(postsynaptic density membrane,GO:0098839;P=1.52E-03;FDR=5.76E-03)等。同时,鉴定出38个遗传变异位点和失眠症显著关联,其中有28个新发现的易感位点。3.为识别与抑郁症和失眠症同时关联的易感位点,以conjFDR<0.05为显著性阈值,共识别出16个遗传多效性位点,其中有15个位点是新发现的,通路富集分析结果显示这些易感位点富集于突触传递相关通路,包括突触后密度(postsynaptic density,GO:0014069;P=4.91E-04;FDR=4.84E-03),不对称突触(asymmetric synapse,GO:0032279;P=5.09E-04;FDR=4.84E-03),突触后膜神经递质受体水平的调节(regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels,GO:0099072;P=5.11E-04;FDR=1.69E-02),树突棘(dendritic spine,GO:0043197;P=3.14E-03;FDR=1.99E-02),蛋白质C端连接(protein C-terminus binding,GO:0008022;P=4.05E-03;FDR=2.84E-02)等。结论:基于条件性错误发现率和联合条件性错误发现率的分析方法,发现抑郁症和失眠症两者之间存在显著多效性富集现象。通过采用联合条件性错误发现率分析方法,鉴定出多个新遗传多效性位点,并且这些位点所在基因的功能富集于神经突触相关通路,表明两者之间存在某些潜在的共同遗传机制。研究结果为研究抑郁症和失眠症的病因学和共病现象提供了重要线索和科学依据。