自2012年“营改增”试点以来,交通运输业就作为第一批试点行业纳入了增值税抵扣链条,这不仅有利于加强对运输行业的纳税监管,还有利于减轻运输行业的税负,促进运输行业的转型升级。但由于改革实施时间不长,税务机关监管措施还不到位,运输企业税负短期内上升,部分运输企业寻求让他人为其代开进项发票以作为进项抵扣来减轻税负,加之运输专用增值税发票的“含金量”上升和税率差,部分运输企业借机对外进行虚开。运输行业的虚开行为具有明显的政策性,部分运输企业利用税率差进行虚开,还有人注册空壳公司进行虚开。为了有效打击运输企业虚开犯罪,公安机关应注重通过多种途径获取案件线索,积极开展案件初查来核实案件线索,及时采取侦查措施获取案件关键证据材料。运输企业虚开增值税专用发票案件的侦查对策为文章的研究重点,笔者通过对国税机关和公安机关的实地调研,结合改革后部分地方公安机关办理运输企业虚开增值税专用发票案件的经验,分析了运输企业虚开案件高发的原因,对运输企业的虚开手段的新变化和新特点进行了归纳。笔者分析了案件线索获取和核实过程中遇到的各机关协作不畅和缺少证据等问题,从运输企业的车辆、成品油、经营要素和运费这些不同于其他生产性企业的特点入手总结归纳侦查措施,指出收集案件证据应当着重关注的证人证言和账簿等证据,并且适时展开集群战役扩大战果。