嵇康与何晏、王弼、向秀、郭象等主流玄学家以本体论为研究重点、为名教正名为目的、采用三玄注解之方式的玄学路数相异,在于其认识论中的科学方法——亦即他在音乐哲学上取得前无古人成就的重要原因。嵇康并没有对哲学本体论表现出太大兴趣,他关心的是形而上与形而下的联结,即“气”与“至理”(“自然之理”)。他以演绎结论为出发点,并花费大量精力进行“格物致知”的“科学研究”来校验——音乐内部的运动规律、养生规律、心理规律、堪舆术之合理性等等。藉由分类之学所得之相对确定的结论,嵇康建立了一个相当规模的知识体系,并将演绎思想与不断对此知识体系内部之关联进行归纳相结合来实现其追求“至理”的理想。嵇康的“至理”方法论融合了传统道家“天人合一”思想与汉代新道家的唯物思想,既重视抽象演绎,又重视经验归纳；既视自然与人为一的整体性,又在认识论上将自然界作为一个独立的认识对象——由此导出分类思想,是科学发展的基础,而为人的认识能力划定范围又是哲学认识论的重点。嵇康的音乐研究属于其思想体系的重要分支,大大消除了之前道家音乐理论中的神秘性；不仅与主流玄学家不同,在整个魏晋艺术史中,也是独树一帜。