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唇腭裂是最常见的颌面部畸形,也是全球最普遍的出生缺陷之一。孟德尔在线数据可查询出超过500个与唇腭裂相关的综合征,其中亦包括那些因继发于慢性疾病或致畸作用下引起的唇腭裂疾病。因先天性唇腭裂致病成因复杂,包括遗传因素和环境因素,遗传模式并不完全符合孟德尔遗传模式,目前认为其遗传模式主要有以下两种:多基因阈点模式以及主要致病基因遗传模式。产前诊断是控制唇腭裂缺陷儿出生和指导产后患儿的疾病防治的重要途径,本文通过流行性调查了解广州市妇女儿童医疗中心产前唇腭裂儿的实际情况和尝试采用主要检测CNVs和SNVs的先进分子检测技术对先天唇腭裂遗传家系进行基因诊断学研究。本研究从设计先天性唇腭裂的产前调查分析和运用高分辨率全基因组染色体微阵列技术(CMA)以及高通量的下一代测序(NGS)的先进分子检测技术对遗传家系病例进行遗传病因学研究。包括以下三大部分:(1)探讨产前唇腭裂的诊断、转归和干预措施,研究唇腭裂缺陷发生率动态变化及流行病学特征。(2)应用全基因组染色体微阵列技术检测先天性唇腭裂畸形病例,评价其在唇腭裂遗传病因诊断的价值。(3)结合全外显子高通量测序技术检测家族性唇腭裂家系,评价在实际临床检测中对遗传病因学诊断的有效性。材料与方法1.回顾性选取2011年01月至2016年12月在广州市妇女儿童中心产前诊断中心就诊的147例唇腭裂病例,孕周为12.1~38.7周,对其产前、产后、术后定期进行访问。将调查对象信息归纳分类为其病型、诊断率、转归及危害因素等,对其总结分析。2.应用全基因组染色体微阵列技术(CMA)对2012年10月至2015年12月在广州市妇女儿童医疗中心产前诊断中心及颌面外科就诊的家族性唇腭裂病例10例,对颌面外科接受手术治疗的先天性唇腭裂患儿(含患病家系)共计16例样本进行检测,主要技术平台是美国Affymetrix公司的CytoScan 750或HD芯片。芯片数据分析采用DGV、CHOP、DECIPHER、CAGdb、ISCA、UCSC Genome Browser、OMIM及Pubmed等实验室的内部数据库比对分析结果。3.应用全外显子高通量测序技术对9个唇腭裂遗传家系,先证者核心家系成员共计28个样本进行检测,主要高通量平台来自美国Illumina公司Hiseq 2500,测序数据进行WES流程处理后,家系分析及致病基因筛选,测序数据分析采用Exac、1000 genomes、ClinVar、HPRD、Mutation Taster和SIFT、OMIM、Pubmed、PloyPhen等数据库分析并参考2015年《ACMG实验室对于序列变异的标准与指南》得出基因诊断结果。4.应用Sanger测序技术对全基因组染色体微阵列技术(CMA)和高通量下一代测序技术(NGS)检测中发现的可疑致病基因进行PCR验证。排除CMA及二代测序技术结果中染色体的微缺失或重复的假阳性结果。结果1.147例产前唇腭裂调查研究发现CLO的灵敏度(检出率)最高达100%,非综合征CLP最低仅73.3%,SCL/P的灵敏度(80%)高于NSCL/P的(78.5%);SCL/P合并其他畸形以颅颌面部及心血管系统居多,分别占10.9%和8.8%;2011~2016年间产前诊断时间以28w前居多,并有逐年上升趋势,平均为25.4±3.5w;147例的转归按从大到小的比例排序分别为引产、分娩、失访,引产原因包括以SCL/P的确诊为首的客观因素和以文化、经济为主的主观因素;经本调查评估致CL/P畸变的高危因素以备孕不足、不良生育史和高龄产妇为影响较大。2.高分辨率全基因组染色体微阵列技术(CMA)检测:全部10个家族性唇腭裂16例病例均成功进行了全基因组高分辨率CMA技术检测。本次研究在2例病例中检出致病性并具有家族遗传性的CNVs。3.9个家系28名受检者中,经过致病基因筛选共发现致病性突变2例,可能致病性突变3例,意义不确定6例,所有SNVs均经Sanger测序证实。结论1.唇腭裂出生缺陷仍是产前工作重点,提高产前诊断率,降低主观因素给家庭和社会的不良后果,为改善患儿生存质量,提高出生人口素质作参考。2.重视并有针对地进行保育工作,开展三级预防措施,避免或减少唇腭裂高风险危害因素带来的影响,降低唇腭裂的发生。3.全基因组染色体微阵列技术在先天性唇腭裂畸形病因学诊断具有重要应用价值,能检测出传统的G显带核型技术未能发现的异常CNVs。4.外显子组测序对唇腭裂缺陷的病因学诊断具有应用价值,能全面检测致病性SNVs并具有准确、高效的特点。5.全基因组高分辨率染色体微阵列(CMA)结合高通量下一代测序(NGS)使全基因组得到全面、精确、高效的遗传筛查,发现先天唇腭裂新的候选致病性CNVs与SNVs等变异位点。