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这一博士学位课题由两部分研究工作构成第一部分甲胎蛋白阴性与甲胎蛋白阳性肝细胞癌临床病理特征及预后研究目的：甲胎蛋白(alpha-fetoprotein, AFP)对于肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)术后的预后价值尚存争议,本论文研究肝细胞癌术前血清AFP水平的预后价值,同时分析不同AFP水平肝癌患者的临床病理特征。方法：应用病例对照研究的方法,回顾性分析中国医学科学院肿瘤医院251例接受手术治疗的肝细胞癌患者的临床病理资料,按术前血清AFP水平分组,以20ng/mL为截点值,分成AFP阴性组(0-20ng/ml)和AFP阳性组(>20ng/ml),其中AFP阴性组142例,AFP阳性组109例,比较两组患者的临床病理特征,采用Kaplan-Meier法计算生存率,以Log rank检验进行生存曲线比较,用Cox比例风险回归模型分析影响术后肝癌患者预后的相关因素。结果：与AFP阴性肝癌比较,AFP阳性组患者的血浆凝血酶原时间较长、肝被膜受侵比例较高、组织分化较差、巴塞罗那临床肝癌分期较晚(P<0.05)。女性肝癌患者术前AFP水平高于男性患者(P=0.04)。AFP阴性组患者1、3、5年无复发生存率为78.1%、57.5%和40.6%,高于AFP阳性组患者1、3、5年无复发生存率61.8%、37.7%和31.4%,差异具有统计学意义(Log rank检验,P=0.004)。AFP阴性组患者1、3、5年生存率为94.4%、83.8%和62.3%,高于AFP阳性组患者1、3、5年生存率87.2%、60.0%和36.7%,差异具有统计学意义(Log rank检验,P<0.001)。Cox多因素分析结果显示,AFP、肿瘤直径和Edmondson-Steiner分级是影响肝癌患者预后的独立因素(P<0.05),与AFP阴性肝癌相比,AFP阳性肝癌术后死亡风险增加了76.7%(OR=1.767,95%CI=1.108-2.816, P= 0.017)。结论：AFP阳性组肝癌恶性程度高于AFP阴性组肝癌。女性肝癌患者术前AFP水平高于男性患者。术前血清AFP水平是判断肝癌术后预后的重要因素。第二部分甲胎蛋白阴性与甲胎蛋白阳性肝细胞癌基因表达谱差异研究目的:肝细胞癌是具有不同临床表现和分子生物学特征的异质性疾病。本研究通过分析比较AFP阴性和AFP阳性肝癌的mRNA表达谱差异,结合临床资料,发现一组可能具有肝癌诊断和预后判断价值的分子标志。方法：采用安捷伦4×44k基因芯片平台,检测合并乙肝病毒(hepatitis B virus, HBV)感染的20例AFP阴性和20例AFP阳性肝癌组织的mRNA表达谱,通过生物信息学分析,获得差异表达基因。通过实时定量PCR (real time Quantiative PCR, real timePCR)和/或酶联免疫吸附实验(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA)方法验证部分差异表达基因。结果：通过表达谱芯片分析,在AFP阴性和AFP阳性肝癌组织中发现352个差异表达基因。主成分分析显示,AFP阴性肝癌组织高表达基因62个,主要参与细胞凋亡和程序性死亡等过程,AFP阳性肝癌高表达基因290个,主要参与有丝分裂和细胞周期等过程。real time PCR检测IFNGR1 (interferon gamma receptor 1,干扰素γ受体1)、LAMB3(lamininβ3,层连蛋白β3)、MFSD2A (major facilitator superfamily domain containing 2A,促进调解蛋白超家族2A)、RASD1 (dexamethasone-induced RAS related protein 1,类固醇诱导的RAS相关蛋白1)、STARD5(StAR-related lipid transfer domain containing 5, StAR关脂质转运蛋白5)和TRIM35 (tripartite motif containing protein 35,三结构域蛋白35)等在AFP阴性肝癌组织高表达的6个基因,结果显示LAMB3、MFSD2A、STARD5和TRIM35在AFP阴性肝癌组织中的表达高于AFP阳性肝癌组织。肝癌患者血浆MFSD2A浓度显著高于健康人,对于肝癌具有良好的诊断效能,ROC曲线的AUC值为0.8353(95%CI：0.7486-0.9220),敏感性为74.16%,特异度为89.47%。并且,对于AFP阴性肝癌同样具有良好的诊断效能,AUC值为0.8305(95%CI：0.7311-0.9298),敏感性为71.15%,特异度为89.47%。对于肝癌尤其是AFP阴性肝癌的诊断,血浆MFSD2A具有良好临床应用前景。结论：比较AFP阴性肝癌和AFP阳性肝癌mRNA表达谱差异,发现了几个具有肝癌诊断应用潜能的分子标志,同时为理解肝癌发生、发展的分子机理和寻找新的治疗靶点提供了理论基础。