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隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)、蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia duodenalis,简称贾第虫)和毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)是三种重要的人兽共患寄生虫。猫和狗是这些病原微生物的重要宿主之一,但它们在这些病原微生物传播到人群的过程中所发挥的作用还存在较大争议。目前对这三种病原微生物在我国伴侣动物中的感染情况的研究相对较少。因此,本研究对上海地区不同居住条件和年龄段的伴侣动物(宠物猫狗)进行这些病原体的检测与基因型鉴定,以了解它们感染这些病原的风险因素以及感染虫种和基因型对人的致病风险。从上海的宠物商店、诊所、收容所和养宠物的家庭采集了645份新鲜粪样,其中485份来自狗,160份来自猫。采用巢式PCR结合测序的方法对样品中这三种病原体进行检测和基因型鉴定,并采用卡方检验比较不同居住条件组和年龄组伴侣动物阳性率的差异。隐孢子虫,贾第虫和毕氏肠微孢子虫在狗中的阳性率分别为8.0%、6.0%和26.2%,在猫中的阳性率分别为3.8%、5.6%和13.1%。卡方检验结果表明,三种病原体在来自于宠物诊所(59.0%)和宠物商店的狗(37.6%)的阳性率显著高于家养狗(12.7%),来自于收容所的猫(30.0%)的阳性率显著高于来自宠物商店的猫(15.8%),而不同年龄组的宠物的三种病原体的阳性率并没有显著性差异,说明宠物诊所、商店和收容所内过度拥挤的居住条件和不良的卫生状况可能是影响宠物中这三种病原体传播的风险因素。基因型鉴定表明,在狗和猫中检测到的隐孢子虫虫种分别是C. canis和C.felis;在狗中发现的毕氏肠微孢子虫基因型有PtEb IX和D,其中PtEb IX是优势基因型,而在猫中发现的毕氏肠微孢子虫基因型是Type IV和D；基于多位点序列分型方法鉴定到的贾第虫在狗中为集聚体A(人兽共患亚型A2),B,C和D,其中集聚体C和D为优势基因型,在猫中为集聚体A-D和F,其中集聚体B和F为优势基因型。由于隐孢子虫C. canis和C. felis,毕氏肠微孢子虫Type IV和D基因型,和贾第虫集聚体A和B均可以感染人,所以上海宠物感染的三种寄生虫均具有一定的人兽共患风险。另外,同一居住地的狗和猫体内所发现的这三种病原微生物的优势虫种和基因型不同,因此,这些病原微生物在猫和狗之间发生跨种传播的可能性不大。以上结果有助于减少相关病原对动物的感染,并进而减少它们的人兽共患传播风险。