约翰·穆勒作为19世纪科学哲学的奠基人之一,其科学哲学思想主要体现在《逻辑体系》这部巨著中。然而他在科学哲学思想方面的贡献一直没有得到应有关注和深入研究。在穆勒看来,知识表现为命题或者判断；知识起源于感觉经验；知识可以通过直觉和推断这两种途径来获得,归纳法、演绎法和假设法是用于推断的主要方法；知识需要语言来表达,分析语言就是分析名称、命题和定义。穆勒的科学哲学思想具有一定的合理性和局限性。其合理性主要表现为,穆勒以科学实验方法为中心的科学哲学理论在科学中具有重要作用；他对知识的认识、语言的分析以及假设法的作用等看法也是值得肯定的。其局限性则主要表现为,穆勒夸大了归纳法的作用而歪曲了演绎法；他的经验论立场在知识论中存在诸多问题；他的“自然齐一律”假设也存在漏洞。