随着生态环境问题的持续升温，在科学可持续的发展观成为共识的同时，生态补偿已不再是单纯的作为一种实现生态环境保护的调节机制，而是作为一种调节生态和发展的制度安排被提上议程。在我国，由于西部大开发的推进，产业结构转移，生态保护和区域发展需求的矛盾日益凸显，摆在生态补偿面前的已不是单纯的保障生态领域公平性问题本身，更是生态保护和区域发展需求的博弈。科学发展观，强调以人为本，全面、协调、可持续的发展。研究和建立完善的生态补偿机制，不仅能够解决生态效益的外部性性问题，保障生态领域的公平性，更是是落实科学发展观、合理保护和利用生态自然系统可持续经营，实现城乡和地方发展，建立和谐社会的重要举措。无论是生态保护本身，还是经济社会发展需求，完善对生态补偿问题研究，都已成为当前亟待解决的问题。基于科学发展观的生态补偿机制的研究，强调生态环境保护和提高生态系统对经济社会发展的服务功能两方面的内容。其具体内容包括以下几个部分：第一部分：导论。本部分主要阐述以下内容：研究的选题背景和意义、国内外的研究现状及述评、论文依据的具体理论以及论文相关的研究方法和创新点。第二部分：关于生态补偿研究和实践中存在的问题。本部分从理论和实践两方面具体分析生态补偿研究领域所存在的问题，主要包括以下三方面的内容：生态补偿概念界定的不科学、生态补偿制度的结构性缺位以及生态补偿与区域发展的脱节。第三部分：关于生态保护外部性问题博弈分析。本部分将生态补偿的具体问题，理论化、系统化为三个方面的内容：生态保护外部性问题的综述；生态补偿与生态效益外部性问题之间的博弈；生态补偿与经济效益外部性问题之间的博弈。本部分对以上三部分的内容进行了系统化的展开分析。第四部分：基于科学发展观的生态补偿的理论体系。本部分构建了以科学发展观为指导，生态综合管理为理念，生态功能区划制度为基点的生态补偿机制的理论体系。具体阐述了基于科学发展观的生态补偿范畴，基于生态综合管理的生态补偿经营管理理念以及基于生态功能区划制度的生态补偿的理论基点三个方面的内容。第五部分：基于科学发展观的生态补偿机制框架。本部分包含以下三个方面的内容：生态补偿责任机制的确定、生态补偿的标准的确定、生态补偿方式的选择。