随着后基因组时代的来临，核酸、蛋白质及其功能位点等生物信息数据爆炸性地增长，这不仅为蛋白质组学的研究提供了丰富的资源，加速了药物蛋白质组学的发展，也对数据挖掘和知识发现技术也提出了新的挑战。其中重要的问题之一是挖掘与离子通道亚型相关的功能位点。离子通道亚型相关功能位点不仅能作为离子通道的分类依据，而且可以作为候选的药物靶点，具有重要生物学意义。 目前有关离子通道的研究多是利用膜片钳等实验方法测定离子通道在不同状态下的活性，而利用生物信息学的方法对离子通道进行研究的成果较少。为此，我们从离子通道和功能位点出发，运用创新的数据挖掘技术对离子通道功能位点数据进行系统化分析。首先，根据离子通道的特点，从已有的蛋白质数据库中筛选特定类型的钾离子通道蛋白。然后，对离子通道进行功能位点注释，找到蛋白所对应的功能位点。针对三种亚型的钾离子通道，在样本类别的引导下，利用基于决策树的集成决策方法识别与亚型相关的功能位点，对不同的交叉证实过程产生的结果进行分析研究，并采用多种方法对结果进行证实。结果表明，该方法识别出的具有统计学意义的与离子通道亚型相关功能位点与已有的生物学知识相符，证明了方法的有效性。 为了进一步分析多种类型的离子通道，我们把数据扩展到生物体内数目最多的钙，钾，钠三种类型的离子通道。通过编写自动注释软件，实现对离子通道的功能位点的自动注释。我们把离子通道按照电压门控型和非电压门控型分类，利用亚型和功能位点注释结果构建通道一位点谱。对构建的通道一位点谱，我们应用一种创新的多目标规划方法挖掘和离子通道亚型相关的功能位点，并对挖掘出的位点进行多种生物学分析。分析结果显示，这种多目标规划的挖掘算法能够有效的挖掘出和离子通道亚型相关的功能位点。由于这些位点和亚型之间具有紧密的关联关系，因此可以作为潜在的离子通道药物或专一I生抑制剂的靶点进行进一步的实验研究。 在研究过程中我们发现，目前有关离子通道的数据信息分布分散，尚未有系统的离子通道数据分析平台，这对离子通道的研究带来了很大的不便。为此，本课题遵循目前形势的需要，将离子通道，功能位点等多种来源的数据信息融合，并集成本课题组自主研发的功能位点注释和软件建离子通道数据分析平台，以期为离子通道科研者提供更为便捷的环境。