合浦珠母贝（Pinctada fucata）是我国生产海水珍珠的重要养殖贝类，分布范围广。由于环境因素和近亲繁殖，导致生长性状退化，因此有必要对目前的养殖群体展开性状的遗传分析。本论文分别运用多元统计分析、通径分析、线性模型等方法对合浦珠母贝主要经济性状进行了分析，主要研究结果如下：1.不同地理种群的数量性状差异分析运用多变量形态度量学方法，采用9个形态性状对来自广西（GX）、雷州（LZ）、三亚（SY）和越南（YN）4个不同地理群组的形态差异进行研究。主成分分析构建了3个主成分，第一主成分主要受4个性状的影响，贡献率为55.577%；第二主成分主要受1个性状的影响，贡献率为14.475%；第三主成分受1个性状影响，贡献率为10.545%。主成分分析散布图表明，深圳群组和越南群组形态相近。建立了4种贝的判别函数，GX、LZ、YN和SY四个群组的判别准确率90%、86%、70%和74%，总判别准确率为57.0%。通过对不同群组的合浦珠母贝的形态比例进行比较分析，以建立鉴别方法，为进一步研究它们的种质遗传和苗种选育提供参考资料。2.不同性别的数量性状差异分析从合浦珠母贝选育F3代中随机抽取416个1龄个体，测量其壳长，壳高，壳宽，和软体重，并鉴别其性别，计算不同性别合浦珠母贝形态性状间的相关系数。然后以软体重为依变量，3个形态性状为自变量，进行通径分析和多元回归分析，计算出相应的通径系数和决定系数。结果表明：合浦珠母贝的雌性个体的数量性状值均显著大于雄性个体（P <0.01）；不同性别的合浦珠母贝数量性状的相关系数均达到极显著水平（P <0.01），不同性别合浦珠母贝均以壳宽性状对软体重影响最大；雌贝壳高-壳宽对软体重的共同决定系数最大，壳长-壳高对软体重共同决定系数其次；雄贝是壳高-壳宽对软体重的共同决定系数最大，壳宽对软体重的直接决定系数为其次。剔除通径系数检验不显著的自变量，建立不同性别合浦珠母贝形态性状对软体重的回归方程：Y雌=-8.0139+0.0828X1+0.1139X2+0.2554X3；Y雄=-6.6635+0.1201X2+0.2810X3，回归分析表明方程中的回归系数均达到极显著水平(P <0.01)。利用壳宽对合浦珠母贝软体重进行间接选择的效果最好，壳高次之，为通过选择育种方法对合浦珠母贝数量性状遗传改良提供理论依据。3.完全双列杂交子一代生长性状的加性和杂交效应估计2011年2月17利用北海（BH）、徐闻（XW）和三亚（SY）三个不同合浦珠母贝地理群体进行完全双列杂交，构建了3个种群内自繁群组和6个种群间杂交群组，2012年8月20日测量达到1.5龄的9个群体，每个群体随机测量200个贝。再利用SAS软件进行各群组生长性状的加性遗传效应、杂交优势和反交效应的统计分析。结果表明：体重（BW）性状的加性遗传效应最高的是北海群组（+5.7%），最低的是三亚群组（-4.3%）。其他性状如壳长（SL）、壳高（SH）和壳宽（SW）的加性遗传效应也存在类似情况。所有性状的平均杂交优势极显著（P<0.01），范围从壳长的+6.1%到体重的+19.1%。4个生长性状的群组反交效应大小顺序为北海＞徐闻＞三亚。4、双列杂交子代生长性状比较2012年3月以来自三亚、深圳和越南的合浦珠母贝进行完全双列杂交，分析杂交子代和自交子代分别在135日龄，205日龄和260日龄的生长情况和杂种优势率。结果表明，群体SYSY在135日龄生长速度最快，YNSY的生长速度最慢；在205日龄群体SYYN的各性状生长速度最快，其次是SZYN；在260日龄群体SZSY的壳长、壳高、壳宽和体重增长最快，分别为39.32mm，38.36mm，14.19mm，9.85g，其次为YNSY群体和SZYN群体。由杂种优势可知，不同阶段杂交组均表现出一定程度的杂种优势率，各阶段的杂种优势率分别为-68.66%～23.98%，-27.69%～82.11%，2.80%～49.12%。随着日龄的增长，群体SZSY和YNSY的杂种优势率随之增加。其中以群体SZSY在各性状的杂种优势率最大分别为26.71%，22.87%，18.56%，49.12%，其次为群体SZYN的杂种优势率分别为15.24%、14.86%、13.10%、34.23%。反交组合SYSZ群体在壳高上的杂种优势率最低，YNSZ群体在壳宽和体重上的杂种优势率最低，SYYN群体在壳长的杂种优势率最低。实验结果表明，合浦珠母贝3个群体杂交子代在生长指标上存在一定程度的杂种优势，为进一步选育提供基础资料。