农民工是我国改革开放和工业化、城市化进程中涌现的一支新型劳动大军，根据《2006年全国农民工工作综述》，全国13亿人口中农民工就有2亿多，其中异地转移进城务工的约有1.2亿人。大量农民工在城乡之间亦工亦农、流动就业，为城市繁荣、农村发展和国家现代化建设做出了重大贡献。然而，进入城市从事新职业的农民，却很难改变其不被现行制度认可的群体特征。这种特征又导致了农民工在就业机会、工资待遇、生活工作条件、社会福利等合法权益被严重侵害的局面。农民工将是我国长期必须面对的群体，随着城市化进程和社会主义新农村建设的不断推进，农民工流动将进入一个新的发展时期。农民工流动无论是对城市发展，还是新农村建设都会产生越来越举足轻重的作用。因此科学认识农民工合法权益并采取有效措施维护其权益对构建和谐社会有着重要的理论和现实意义。本文从农民工在社会经济中所处的尴尬境地入手，重点分析农民工权益缺失的原因，并由此深化开来，阐述保护农民工权益的思路，同时借鉴国外的经验，认为避免农民工合法权益受侵害的保护措施应该是一个相互联系，相互促进的系统，它的顺利实施不能仅仅指望其中任何一种手段，具体来说，可以从思想观念、制度改革入手，最终落到提高农业效率，实现土地规模经营和加快城市化进程，平衡城乡经济发展上来。