刺鳅,隶属于鱼纲、鲈形目、刺鳅科。在中国,刺鳅科之中只有一个刺鳅属,包含刺鳅和大刺鳅两个物种。这两种鱼均属于富含高蛋白和低脂肪的动物食品,所具有的必需氨基酸、多不饱和脂肪酸、矿物质和微量元素含量都比较丰富；其肌肉中氨基酸种类齐全,蛋白质中必需氨基酸组成比例较为接近人体需要,两种刺鳅肉质鲜美,皆具有经济开发利用价值。刺鳅曾经在长江中下游流域广泛分布存在,然而由于当今江河环境污染严重,刺鳅野生资源遭到了严重破坏,在很多湖泊河流里,刺鳅甚至已经基本消失。由于野生刺鳅已急剧减少,故有必要开发新的SSR遗传标记来用于多方面研究,这些标记可用于野生刺鳅生物多样性的监测,也可用于刺鳅的分类和系统发生学等学科研究。本研究采用的是以FIASO技术为基础的SSR分离改良方法。例如对采用的限制性内切酶、接头、探针和杂交条件做了适当修改;采用自己修改的方法,成功地分离出数千个克隆,随机挑取了300多个克隆,并对其中的36个样本进行测序。36个测序样本中有33个样本含有SSR序列(SSR阳性克隆率约为92%),适合设计引物的序列有29个(具体序列见附录)。根据其中的6个序列设计了相应的引物,用琼脂糖凝胶验证PCR产物与测序结果片段大小相一致,其余23个序列有待进一步设计和验证引物。对所设计的刺鳅MaSSR1位点进行了长度多态性分析,并将不同的等位基因克隆及测序,验证了设计引物的正确性和位点多态性,确认刺鳅MaSSR1位点具有较好的遗传多态性。这些29个分离出来并测序的SSR序列,为以后的继续研究奠定了良好的基础；本文所建立的SSR分离技术新方案,也为其它物种的SSR位点开发提供了良好的借鉴。此外,刺鳅是具有性染色体的少数鱼类之一,而且其性染色体是染色体组之中最大和具有异型性的一对,是研究鱼类性染色体进化的良好实验材料。本文通过锚式PCR法成功地分离出刺鳅X染色体文库的SSR基因位点,其研究价值有待进一步验证。在细胞遗传学研究方面,本文对刺鳅进行了核型分析及C带检测,结果与刘江东老师的报道一致,Y染色体较X染色体大10%,XY染色体上大部分为结构性异染色质。在分子细胞遗传学研究方面,采用了FISH和PRINS方法对刺鳅性染色体端粒进行了研究,没有发现刺鳅性染色体末端端粒缺失及中间端粒现象,推测刺鳅性染色体在进化过程中没有发生染色体融合及罗伯逊易位,同时对刺鳅具有一对最大异型性的性染色体现象作了相应的分析,推测可能是性染色体上由于缺乏重组,造成大量的转座子聚集和自身基因扩增,导致了刺鳅性染色体成为最大和具有异型性的染色体。另外,根据本文的实验基础,结合人类Y染色体富含SSR的特点,提出了用性染色体SSR分析性染色体上的重排和进化的可行性方案。由于缺类也是我们实验室经常用于研究的实验材料,我们在进行刺鳅研究的同时,对也含有性染色体的拟缘缺进行了染色体核型分析,发现分别来源于青衣江和岷江的两种类型拟缘缺,虽然形态相同,但染色体组却存在差异；为了深入探讨拟缘(?)的染色体内部信息,采用了CMA3染色、5S rDNA序列分析、5S rDNA和18SrDNA双色FISH染色体定位,结果发现它们之间的染色体结构差异很大,可以肯定这两类拟缘缺应该属于同一物种,但实系不同族类。最后对这两类拟缘缺染色体组差异的可能形成机制进行了探讨。