线粒体DNA作为核外遗传物质,被广泛的应用于系统发育分析以及种群基因交流、遗传多样性和遗传结构评估上。本文首次测定了大鳞副泥鳅和台湾泥鳅的线粒体基因组全序列,并分析了其结构单元,结合NCBI中已公布的鳅科其他鱼类的线粒体基因组全序列构建系统进化树,分析了鳅科相关物种的系统发育关系,主要研究结果如下:1.从外部形态观察中,台湾泥鳅、大鳞副泥鳅的尾柄长和尾柄高约相等;台湾泥鳅的雌雄差异不明显,这一结果与其他学者提出的一致;台湾泥鳅的雄鳅还有一个明显的特征,在其背鳍后左右侧线鳞上面有长2cm左右肉质突出,这在泥鳅和大鳞副泥鳅中都没有发现。2.大鳞副泥鳅线粒体基因组全长为16 570 bp,台湾泥鳅为16 568 bp,均包含22个t RNA基因、13个蛋白质编码基因、2个r RN A基因;两种鳅线粒体均存在基因间隔与基因重叠区域,基因间隔总长分别为33bp和34 bp,基因重叠总长皆为28bp。在碱基使用方面,大鳞副泥鳅和台湾泥鳅都表现出明显的AT偏向性,这与鳅科其它已测物种线粒体基因组的特征相吻合;13种蛋白质中,除了COX1和ND6分别以GTG和TTA为起始密码子,其余的都以ATG做为起始密码子。终止密码子使用情况较为复杂包括完全密码子(TAA,TAG,CAT)和一些不完全密码子(T-,TA-)。大鳞副泥鳅和台湾泥鳅基因组中12Sr RNA和16Sr RNA基因分别长954bp,1678bp和954bp,1676bp。3.通过ML法、NJ法来构建15种鳅科的系统发生树。结果显示,本研究中15种鳅科的分支分类情况与传统形态学分类基本一致,花鳅亚科位于系统进化树的顶部,证明是最为进化的类群;其次为条鳅亚科,沙鳅亚科最原始。且大鳞副泥鳅和台湾泥鳅聚成一支(pp=100)。故我们大胆推测台湾泥鳅可能为大鳞副泥鳅的一个亚种。