基于宏基因组学技术研究中药对肠道微生物种群数量的影响

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肠道微生物的研究是近年来非常热门的研究方向之一。肠道微生物是人体内共生数量最多的微生物,其所含有的基因组可被称为“人类第二基因组”,也是生命活动至关重要的一部分,具有诸如营养吸收、代谢调控、免疫调节等已知的生理功能。自美国国立卫生院启动“人类微生物组计划”和欧盟启动肠道元基因组第七框架项目以来,获得了诸多研究成果。经大量研究发现,肠道微生物与肠道疾病、2型糖尿病、肥胖、抑郁症、多种癌症、免疫系统过度活跃等均有关联,这从另一个方面提供了治疗这些疾病的新思路。中药是中华民族千百年流传的瑰宝,其所包含的各种有效成分可以治疗疾病或调理机体功能。对肠道微生物来说,多糖成分对维持肠道微生物种群的平衡具有重要作用,中药可以通过增加益生菌、降低有害菌的方式来实现调控,但具体过程还有待进一步研究。现阶段,由于能够体外培养的微生物种类太少,对肠道微生物的研究主要依靠提取宏基因组DNA和高通量测序技术。本研究比较了三种粪便细菌宏基因组DNA提取方法,综合考虑实验要求、DNA提取效果、操作简便等因素,选择了一种合适方法用于后续实验样本宏基因组DNA的提取;通过给实验小鼠连续灌药的方式,研究两种中药提取物五倍子、诃子以及一种纯品化合物没食子酸对肠道微生物种群数量可能产生的影响;应用Bst DNA聚合酶大片段对粪便样品宏基因组DNA的16S rDNA片段进行等温扩增和荧光标记;尝试应用基因芯片来检测分析肠道菌群,打破了对二代测序的依赖,同时验证了基因芯片检测肠道菌群的可行性。论文研究内容可以为宏基因组DNA提取方法的选择提供参考,可以说明基因芯片检测分析肠道菌群的可行性、简便性、时效性,为有关肠道微生物的研究方法开辟了一个新方向。研究发现,中草药提取物五倍子、诃子及纯品化合物没食子酸对肠道微生物具有一定的调控作用。未来,将肠道菌群基因芯片应用于临床检测和科研探索,不仅成本较二代测序低廉,且效率会得到大幅提高。
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