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在转基因植物检测和基因拷贝数测定中往往需要使用内标准基因.Lectin和Zein基因已经被证实可用于转基因大豆和玉米的检测,但适于转基因水稻外源基因检测的内标准基因以及利用荧光定量PCR方法检测外源基因拷贝数目前尚未见相关报道.本论文内容分为适合于转基因水稻外源基因检测的内标准基因的确定和利用TaqMan荧光定量PCR技术检测转基因水稻外源基因拷贝数两部分.首先,通过生物信息学分析,选择蔗糖磷酸化合成酶(sucrose phosphate synthase,SPS)基因作为候选的水稻内标准基因.利用Primer Premier 5.0和Beacon Designer 2.0软件设计其特异性的引物和探针并建立相应的定性定量PCR反应体系.定性定量PCR反应结果表明在15个不同的水稻品种中均能扩增得到相同的SPS片段,而在其他常见植物例如向日葵、番茄、茄子、烟草、辣椒、剑麻、大豆、绿豆、大麦、小麦、玉米、油菜、拟南芥、杨梅和胡萝卜中均未扩增得到相应的SPS片段.Southern杂交结果表明该SPS在不同的水稻品种中均为单拷贝基因.研究结果表明该SPS基因具有种内非特异性、种间特异性以及单拷贝的特点,可以作为转基因水稻中外源基因定性、定量PCR检测及拷贝数分析的内标准基因.灵敏度分析结果表明本研究建立的SPS定性、定量PCR检测方法可分别检测到0.05ng(100拷贝)和0.005ng(10拷贝)的水稻基因组DNA,完全适合于对转基因水稻进行定性和定量检测.其次,在上述研究的基础上,利用软件设计了针对转基因水稻中外源β-半乳糖苷酸酶(β-glucuronidase,GUS)基因和潮霉素磷酸转移酶(hygromycin phosphortransferase,HPT)基因的定量PCR检测引物和探针,并建立了相应的定量PCR反应体系.该定量体系的检测灵敏度为10拷贝,与水稻内标准SPS基因定量PCR检测灵敏度相近.利用本研究建立的SPS、GUS和HPT基因的定量PCR检测体系,对26个同时含有GUS和HPT基因的转基因水稻中外源基因GUS、HPT的拷贝数进行了检测,并对部分转基因水稻中GUS、HPT的拷贝数进行Southern验证,结果Southern杂交检测结果与定量PCR检测结果基本一致.研究结果证实该方法可以用于转基因水稻外源基因拷贝数的检测.此外,对转基因水稻中HPT基因和GUS基因拷贝数的分析结果还表明有38﹪的转基因水稻中两个外源基因的拷贝数不同,这说明转基因过程中T-DNA插入水稻染色体过程中外源基因的重排现象比较普遍.