绿色植物(Viridiplantae)是一类古老的光合真核生物,共有五十万余种,分布广泛,在全球生态系统中起着重要作用。绿色植物通过早期演化产生了两大类群,一类是绿藻门,包括了多种生境、多种形态结构的藻类,从海水、淡水到陆地,从浮游的单细胞、群体、多细胞到管状等类群,另一类是链形植物门,包括有胚植物(现存的陆地植物:苔藓以及维管植物)和轮藻门(双星藻纲、鞘毛藻纲、轮藻纲、克里藻纲、绿叠球藻纲和中斑藻纲)。为了深入理解绿色植物的起源与演化历史,构建绿色植物可靠的时间轴是至关重要的。本文利用99种不同绿色植物的81个叶绿体蛋白编码基因,结合21个化石标定点,估算绿色植物以及各主要类群的起源与分化时间。我们进一步探究了拓扑结构、分子钟模型、分区模型、速率前验参数以及化石标定点对估算绿色植物分歧时间的影响。本研究发现改变速率前验参数和拓扑结构对估算分歧时间的影响较小。选择不同的宽松分子钟模型(独立速率模型和自相关速率模型)仅影响古老节点分歧时间的估算。然而,使用不同的化石标定点和分子钟-分区模型时,对整个绿色植物各主要冠群节点的分歧时间影响较大。因此,本研究将影响分歧时间的不确定性因素进行整合,估算绿色植物的起源时间为古元古界到中元古界,陆地植物的起源时间为埃迪卡拉系到中奥陶统。综上,本研究发现在采用贝叶斯分子钟测定谱系分化时间时,应考虑到各种不确定性因素的影响,并且最终估算的演化时间轴应将不确定性因素整合。本文得到的绿色植物演化时间轴表明(1)在中元古界到新元古界,早期绿色植物(绿藻)的爆发增加了二甲基硫酸盐的排放,而二甲基硫酸盐能够氧化成云凝结核,从而导致全球气温下降,进而促进了“雪球地球”的形成;(2)新元古界末期的Gaskiers冰期将大量的水束缚在一起,导致全球气候变得干燥。在此期间,许多淡水可能干涸,从而迫使淡水藻类适应陆地生境,最终形成陆地植物。