根据目前兰花主要还是以传统的形态学分类为主,将中国兰花分为五大类的情况,本研究分别运用形态学、生物化学(同工酶)和分子生物学(三种分子标记)的方法,较全面、综合地对福建省的主要中国兰花种质资源进行了研究。以根、茎、叶和花为主要形态指标,证明了武夷山兰花与其他国兰种质资源之间存在明显的差异。过氧化物氧化酶和酯酶酶谱多样性程度较高。11份种质材料的过氧化物氧化酶共产生76条酶谱带,表现出14种不同的迁移率,Rf值变动在0.09~0.81之间;武夷山兰花谱带有两条特征性谱带,迁移率分别是0.15和0.18,说明了武夷山兰花的特异性。11份种质材料共产生69条酯酶酶谱带,表现出11种不同的迁移率,Rf值变动在0.15~0.65之间,并Rf =0.59处有一条11份种质的基本谱带。三种分子标记试验中,分别从100条RAPD引物、100条ISSR引物和80组SRAP引物组合中筛选出适合国兰种质分析多态性好的12条RAPD引物、17条ISSR引物和24个SRAP引物组合。其中12条RAPD引物扩增出138条带,多态性带108条,约占总数的78.3%;17条ISSR引物产生扩增172条带多态性带142条,约占总数的82.5%;24个SRAP引物组合,PCR扩增出204条条带,其中多态性条带是168条,占总条带数的82.4%,显示了较高的多态性。本研究从三个不同方面分析都显示不同福建国兰种质资源在遗传背景上有一定的差异;同时验证了采集自武夷山的兰花与建兰及其他兰花在遗传背景上有一定的差异,可以从中筛选出新的种质资源。建议中国兰花现可分为六大类,同时,聚类结果为中国兰花,特别是武夷山野生兰花资源的研究和保护,及兰花的新品种繁育提供了依据。