蛋白质含量是评价稻米品质的一项重要指标，控制水稻糙米蛋白质含量的基因位点是数量性状，检测水稻糙米蛋白质含量的QTL并进行遗传效应分析对于水稻品质遗传育种具有重要的意义。香稻品种具有品质优良、香味浓郁、清香可口的优良品性，被视为稻米中的珍品。香稻品种的遗传多样性研究和对香味基因的遗传机制进行分析对于杂交香稻育种具有重要的意义。本研究利用RIL群体对控制水稻糙米蛋白质含量进行QTL定位分析，利用SSR标记研究香稻品种的遗传多样性，并对香味基因进行精细定位。主要研究结果如下：1．水稻糙米蛋白质含量的QTL定位利用中优早／丰锦重组自交系群体采用SSR分子标记构建遗传连锁图谱，结合构建的连锁图谱利用Windows QTL Cartographer2.0软件采用复合区间作图法对水稻糙米蛋白质含量进行QTL定位和效应分析。检测到控制糙米蛋白质含量的QTL6个(qPc-3、qPc-6、qPc-7、qPc-8-1、qPc-8-2、qPc-11)，分别位于第3，6，7，8，11连锁群上。单个QTL对群体表型变异的贡献率为3.79％～19.41％，联合贡献率为61.07％。在这些QTL的区间中，第8染色体的qPc-8-1基因区域对糙米蛋白质含量具有主效作用。进一步分析和比较了相关研究结果，讨论了研究结果对开展稻米品质遗传育种的意义。2．香稻品种的遗传多样性研究本研究利用部分水稻功能基因标记和分布于12条水稻染色体上的60对SSR引物研究了32个香稻品种的遗传多样性。其中60对SSR引物共检测出188个等位基因，其中有效等位基因数126个。每对引物等位基因数在2～6之间，平均为3.13个。多态性信息含量(PIC)变幅为0.116～0.744，平均0.467±0.023。32个品种间的遗传相似系数在0.51～0.96之间，平均值为0.697±0.0035。聚类分析将32个香稻品种在遗传相似系数0.58处分为籼、粳两类，分类结果与品种系谱分析比较吻合。结果表明SSR分子标记在香稻品种遗传多样性分析和育种应用方面具有重要价值。而功能基因标记检测表明，功能基因在香稻品种间存在一定的差异，可充分解释香稻品种间存在功能基因在产地来源、生态类型等方面的不同。3．水稻香味基因的精细定位随着现代生物技术的发展，越来越多的报道证明水稻的香味性状受一对隐性基因控制。本研究以11个香稻品种和4个非香稻品种为研究材料，分析了香味基因的遗传机制；以茉莉花香型的粳稻品种粳香米和非香品种MR63为研究材料，对控制香味性状的基因进行了精细定位。结果表明，水稻香味受一对隐性基因控制，并将香味基因定位在水稻第8染色体上，位于InDeL标记AP05537-17和标记AP004463-13之间，在物理图谱上的物理距离大约252kb，预测基因有15个。讨论了水稻香味基因的遗传机制。