蒙古沙冬青转录组测序和AmDREB1F基因的克隆

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 9次 | 上传用户:googto0726
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沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)具有很强的耐寒和耐早等耐逆特性,是研究植物耐寒耐旱机理和挖掘耐逆基因的珍稀材料。然而,目前对于沙冬青功能基因组的研究只取得了有限的序列数据。本研究利用Illumina技术对蒙古沙冬青在冷冻和干旱胁迫下的转录组进行了测序和从头组装,并对其中AmDREB1F基因进行了克隆,取得了下列主要研究成果:(1)测序产生了4.26G的高质量数据,47.29Mb的clean reads和86058条Unigene序列,其平均长度为756bp,N50长度为1279bp。(2)利用RT-PCR方法对12条Unigene序列进行了扩增验证,表明本研究序列组装结果质量较高。(3)通过对蛋白质数据库进行Blast搜索,共有51014条Unigene与己知的基因匹配,其中多数被注释的基因可划归于44个GO功能条目、25个COG蛋白族和125条KEGG途径。共有35044条Unigene没有匹配序列,其中有部分Unigene可能来自沙冬青中所特有的基因。(4)根据功能注释信息,共有2533条Unigene序列编码转录因子,分属于57个转录因子家族。(5)通过在TIGR植物转录组数据库中进行Blast比对,表明与蒙古沙冬青转录组最相似的物种是大豆。(6)利用PCR方法克隆了AmDREB1F基因的编码区cDNA和gDNA,二者均由726bp组成,故无内含子序列。推测其蛋白产物由241个氨基酸残基组成,含1个保守的AP2结构域和核定位信号,定位于细胞核。(7) AmDREB1F的表达主要受低温的诱导,而受干旱和高盐胁迫诱导的幅度较小。将该基因编码区cDNA片段成功构建到植物表达载体pCAMBIA3301上,利用农杆菌介导法将AmDREB1F基因转化拟南芥,目前已经获得35株T1代,为进一步研究其功能奠定了基础。
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