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辣椒（Capsicum annuum L.）是一种世界性的蔬菜或调味品,在我国各地广泛栽培,且产量居世界首位。我国对辣椒育种非常重视,自20世纪80年代以来,已选育各种不同的辣椒新品种100多个,辣椒产区的主栽品种已更新3～4代,对提高单产和改进品质起到了重要作用。但传统辣椒育种所利用的基因越来越集中到少数种质上,因此随着品种的不断更新,遗传基础变得越来越狭窄,形态区分难度也越来越大,新品种的新颖性和特异性鉴定缺少依据,为生产上品种的形态鉴定、新品种的认定或审定带来困难.近年来,随着分子生物学研究的不断深入,利用分子标记鉴定品种显示出巨大的潜力,分子标记可在生长发育的任何时期鉴定,简工节本,将会大大提高辣椒品种鉴定的效率.本论文在进行植物学性状观察的基础上,利用AFLP分子标记对在杭州及周边地区广泛栽培、亲缘关系密切的的12份辣椒品种进行鉴定.所得结果如下:（1）利用SPSS16.0分析软件的Bivariate法对12个辣椒品种的20个农艺性状进行了相关分析.结果显示株高与叶宽、叶长×宽、叶柄长呈极显著性正相关,叶长×宽与叶长、叶宽、叶柄长均达到极显著正相关,株高与果肉厚呈负相关,叶宽、节间长与果横径显著性正相关,叶宽、叶长×宽、平均单果重与单株结果数达到显著性负相关,单果重与果纵茎、果肉厚显著性正相关,而与单株结果数显著性负相关,果横径、单株结果数与前期产量存在显著性正相关.（2）利用辣椒的23个表型性状所获获得的数据矩阵进行聚类分析,经过SPSS16.0分析软件的Furtherest Neighbor法分析得到亲缘关系树状.遗传相似系数为0.54～0.93,平均为0.75,标准差为0.09,变异系数为0.12。（3）辣椒叶片由于含有大量的酚类和多糖,DNA提取时容易降解,各种文献结论也不大相同.本文采用SDS法、改良的CrAB法处理A（提取缓冲液中加1%PVP-360和1%巯基乙醇）和处理B（提取缓冲液中加0.2%DTT）进行比较,发现SDS法提取的辣椒DNA降解最严重,A260/A280为1.0～1.3;CTAB法处理A提取的辣椒DNA也有所降解,A260/A280为1.3～1.7;CTAB法处理B提取的辣椒DNA电泳条带整齐,A260/A280在1.75～1.95。（4）以8个EcoRⅠ引物,8个MseⅠ引物组成64对引物组合,用2个辣椒品种进行筛选,选出条带清晰,多态性丰富的引物10对.利用10对引物对亲缘关系密切的12个品种进行扩增,获得96条清晰的多态性条带,利用SPSS16.0软件构建亲缘关系树状图,遗传相似系数为0.2～0.88,平均为0.52,标准差为0.16,变异系数为0.31.结果表明,结合4对引物的15条多态性条带可以完全区分12份辣椒品种,区分品种的难易程度与亲缘关系密疏密切相关。（5）AFLP分子标记与表型性状对辣椒12个品种聚类分析结果的相关系数r=0.722,表明AFLP分子标记与表型性状对辣椒12个品种聚类分析结果达到显著性正相关。