9.11恐怖袭击之后,美国国际开发署在对菲律宾援助发生转变。恐怖主义袭击改变了美国大众的世界观,加速了美国增强国家安全的举措,美国急于在全球反恐战争中找到合适的盟友。这也获得了来自国会、反对党以及媒体的支持。美国对外援助体系随“转型外交”的提出而发生转变,以配合国家战略。小布什政府时期,美国国际开发署对菲律宾60%的援助资金都用来治理滋生恐怖主义的菲南部棉兰老岛地区。奥巴马政府时期,美国国际开发署将菲律宾纳入全球伙伴增长计划,继续加强对菲律宾的援助,尤其是经济发展援助,试图将菲律宾作为美国重返亚太的战略根据点。美国国际开发署对菲律宾的援助并非单纯的人道主义援助,而是一项双赢的买卖。美国国际开发署帮助菲律宾当地提升了社会和经济发展状况,菲律宾也反赠与美国军队在菲行动的特权,美菲同盟重获新生,对于东南亚局势的演变和美国的“亚太再平衡战略”具有重要影响。