本研究以扎龙国家级自然保护区中水生植物及水体为对象,运用菌物学、分子生物学等研究方法,研究水生植物及水体栖息的水生真菌多样性,研究结果表明:扎龙自然保护区内水生真菌多样性比较丰富,本研究分离和鉴定出真菌24种,隶属4门、10纲、18目、18科、20属。其中接合菌门1属1种、子囊菌门10属13种、担子菌门2属2种、半知菌类5属8种。栖息于水生植物上与植物所生长的水域中的真菌种类不同,不同植物、植物不同部位上栖息的真菌种类亦不同。栖息于水生植物上的真菌多样性高于植物所生长的水域中的真菌;栖息于水生植物水上部位真菌的多样性高于水下部位,栖息于水生植物水面部位的真菌的多样性最低。从芦苇上获得内生真菌12种,外生真菌11种,分布于上部17种,水面8种,下部12种。在芦苇上、中、下部都出现的5种,包括:Aspergillusniger、Penicillium chrysogenum、Penicillium crustosum、Rhizopus sp.、Trichodermalongibrachiatum。蒲草栖息真菌6种,全部为外生真菌。其中上部5种,中部6种,下部5种。在蒲草上、中、下部都出现的5个菌种与芦苇栖息真菌相同。蒲草上分离得到的菌株在芦苇上均有发现。水体中获得真菌11种,这些水体中栖息的真菌在水中植物上均有发现。栖息于水中植物上的真菌多样性随季节的变化而变化。秋季真菌多样性最为丰富,其次是夏季,春季真菌多样性水平最低。季节变化对水体真菌多样性影响很小。