2008年海峡两岸空运直航正式开通。随着我国大陆地区和台湾地区之间越来越多的航线开辟、更多的交流开展，法律制度差异引发的纠纷时有发生。“乘客霸机”事件引发航班延误，旅客权益无法得到保障；“疑似爆炸物”事件表明两岸空运直航中旅客安全隐患仍然存在。这些纠纷反映出两岸空运直航中承运人责任制度并未明晰，以致旅客权益无法得到切实保障。两岸民用航空承运人责任制度议题从长远发展的角度来看，应当回归到经济、法律等实质层面探讨，这样才能保障两岸关系的稳定发展。两岸民用航空承运人责任制度的差异属于一个国家内部不同法域之间的制度差异，类似于国际私法领域的“区际法律冲突”。对于两岸间具体法律制度的差异可以参照“区际法律冲突”，并且借鉴美国、欧盟以及中国香港和澳门地区的成功经验加以协调。两岸民用航空运输的重点在旅客运输和货物运输两方面，旅客运输中，承运人责任主要体现在旅客伤亡以及航班延误的赔偿方面；货物运输中，承运人责任体现在货物毁损以及运输延误的赔偿方面。这些方面对于旅客及托运人的切实利益相关。文章通过比较中国大陆地区和台湾地区民用航空承运人责任制度的相关法律规定，并且利用经济法原理提出对两岸民用航空承运人责任制度进行协调的机制。两岸应当遵行“一个中国”、平等保护两岸市场主体的合法权益以及促进两岸经济交往的原则，借鉴相关国家及地区解决区际法律冲突的成功经验，协调两岸具体法律制度之冲突。通过具体制度完善、建立中间组织性质的统一协调机构来协调两岸民用航空承运人责任制度差异，平等保护民航市场主体的合法权益。在协调两岸民用航空承运人责任制度差异的同时，法律制度的内容也应当加以完善。两岸应当在改善承运人赔偿责任标准、建立统一航班延误认定标准方面作出改进，完善两岸民用航空承运人责任制度。