专项转移支付是指中央财政为实现特定的宏观政策及事业发展战略目标，以及对委托地方政府代理的一些事务或中央地方共同承担事务进行补偿而设立的补助资金，需按规定用途使用，是我国实施“科教兴国战略和人才强国战略”、“建设资源节约型、环境友好型社会”、“完善基本公共服务体系”、“推进农业现代化”的重要物质支撑，具有重要作用。2010年，中央财政对地方提供专项转移支付就达14112.06亿元，占转移支付总额的55.11％，主要分配到了农业事务(3391.64亿元)、社会保障和就业(1835.23亿元)、环境保护(1357.62亿元)、医疗卫生(1313.87亿元)这几个方面。一方面，我国专项转移支付的规模越来越大;另一方面，政府在专项转移支付的拨付和使用，以及监管等方面都存在很多的问题，包括:专项转移支付和财力性转移支付各自理论基础、职责范围界定不清，专项转移的支付项目设置不够明确;中央政府在专项转移支付资金安排上存在偏离矫正外部性这一“正常”目标的倾向，而往往更看重对地方政府的控制和短期目标方面;专项转移支付的支付形式不合理、支付数额的具体测算不科学，缺少民主规范的拨款决策体系和客观科学的分配标准;专项转移支付的监督机制尚不健全等等。鉴于专项转移支付的规模越来越大、范围越来越宽，以至于为专项转移支付建立正确的理论基础以指导专项转移支付制度的设计和实践，以及正确划分专项转移支付与一般性转移支付的边界，变得越来越重要;否则，专项转移支付很容易变异为上级政府部门对下级政府实施不当干预和控制的工具。对此，本文先以我国北方的防沙治沙工程以及上海世博会为例，提出具体的改革思路。再立足于辖区间外部性理论以及委托-代理理论，以“矫正辖区间的外部效应”、“完成中央委托地方承办的事务”为导向，设计一套系统的中央对地方财政专项转移支付测算和分配方式，以及监督管理方面的改革方案。