民国十六年(1927),国民党赢得了北伐战争,执掌全国政权,建立了南京国民政府并按照以党建国的思想进行了司法改革。民国十六年至十九年(1927-1930)这段时期,从法院的设置情况来看,清末移植的法院组织形式得以延续,建立起三级三审制的司法体系,“司法不党”的原则被摒弃,初步形成了官僚化司法体制。对民主法制的崇尚使得国家制度之司法权独立于立法权和行政权。此时,法院制度在国家治理工具中占据了重要的位置。司法厅和检察机关的裁撤揭开了法院系统改革的序幕。高等法院取代了高等审判厅,检察机关并入高等法院更名为检察处。法院内部实行院长负责制,检察处首席检察官领导检察官及书记室成员行使检察职能,审检合一制度形成。然而最高法院内检察署的设立无疑对审检合一制度造成了严重的破坏。这一时期高等法院实际上是地方法院的上诉法院,基本上不审理一审案件。它们设立于各省或特别行政区,但是在首都和市辖区内以及某些地域比较辽阔的省的偏远地区设立高等法院分院,行使高等法院的职能。高等法院是最高法院和地方法院的联系纽带,起着承上启下的作用。从高等法院内部人员结构来看,法官的遴选、任命、培训、保障等诸多方面已经形成了比较成熟的制度体系,法官办事权限和检察官办事权限各有明确的规定,法院内部分工体现了较强的专业化色彩。法官准入制度严格,实行任命制和终身制,使法官这个职业在社会上处于比较高的地位。司法权高度集中,法官地位独立,法院内部分工明确以及律师制度的进步有利于案件的集中审理和司法公正。高等法院院长对法院内部及分院、下级法院有很强的控制能力,是国家司法权向地方延伸的有力工具。特殊法庭的设立和特殊法规的颁布高度体现了南京国民政府司法政党化和官僚化的时代特色。监狱制度的完备又代表着司法制度中的人道主义得到重视。这个时代是一个废旧立新的时代,虽然没有完全摆脱清末以来司法改革中存在的弊病,但却揭开了司法独立进程中崭新的一页。