玉米是我国第一大作物,也是最重要的粮食、饲料和经济作物之一。随着农业技术的发展和玉米高产品种的选育,玉米产量不断上升。玉米病虫害已成为限制玉米产量的重要因素。其中,玉米穗粒腐病由于其发病范围广、直接影响产量且次生代谢物对人畜危害大等特点,已受到人们广泛关注。国内外多个研究团队对玉米穗粒腐病开展了抗病分析、QTL定位等研究。但由于玉米穗粒腐病的抗性机制复杂,受环境因素影响很大,且尚无精细定位群体及高密度连锁图谱,因此,目前对玉米穗粒腐病的研究仍集中在QTL的初步定位,定位结果置信区间较大,尚未克隆出主效抗病基因。这些都严重制约了玉米穗粒腐病高抗新品种的选育进程。本研究以玉米染色体片段代换系为材料,通过对其抗病性进行多年多点田间人工接菌鉴定,得到了两份抗病材料和一份感病材料。利用SLAF-seq技术对这三份材料和两个亲本进行测序,以获得的测序结果为基础开发特异性抗病分子标记和挖掘候选基因,并采用qRT-PCR对候选基因进行初步验证。本研究结果如下：(1)通过对5份材料的简化基因组测序,总共得到6,866个均匀分布在玉米10条染色体上的多态性Marker。再通过质量控制和筛选,从中得到两亲本之间存在差异且均为纯合的标记1845个,其中SNP标记1,642个,插入缺失标记157个,酶切位点突变46个。基于这1845个标记,确定代换系的基因型来源,并绘制基因型来源分布图。(2)根据3个代换系的基因来源分类,在1号染色体、3号染色体和6号染色体上分别确定了1个富集供体基因型的区域,且3个代换系其他染色体区段的基因型基本与受体亲本一致。这一结果表明,这3个区段内的差异是造成材料间出现抗性差异的根本原因,因此推测在这3个区段内存在与玉米穗粒腐病抗性相关的基因。(3)在3号染色体和6号染色体的候选区段内开发特异性分子标记,共得到10个亲本间具有多态性的位点标记,其中7个为已知位点,3个为新位点。利用亲本和3份代换系材料的基因组DNA对这10个标记进行验证,通过PCR和电泳检测,这10个标记在5个材料中的多态性均与测序结果相符。(4)通过对候选区段内基因的分析,结合基因功能注释,在3号染色体的热点区段内挖掘得到两个候选基因。在接菌后不同时间段取接菌点附近的籽粒样品,以其cDNA为模板,通过qRT-PCR对候选基因进行初步验证。结果表明,人工接菌使两个候选基因的表达量均显著上升,说明这两个候选基因与植株响应病原菌胁迫相关。