新型农村合作医疗制度(简称新农合)本质上是一种农村相互医疗保险制度,它具有降低农民的医疗服务实际支付价格、扩大农民的医疗服务需求、从而提高农民健康水平和防止“因病致贫和返贫”的作用。2009年,“新医改”方案的出台,为我国新农合制度的发展提供了指导纲领和政策环境。新农合基金是为实现新农合制度目标服务的、根据新农合制度的相关政策筹集起来的资金。新农合基金的筹集、统筹管理和补偿是新农合制度执行中的重要内容,关系到新农合制度平稳、持续运行。而新农合基金管理效率的高低在一定程度上能够反应基金管理制度的优劣,分析评价不同地区基金管理效率的差异,找出产生低效率的原因,能够进一步完善新农合制度。本文的研究思路为：首先,利用专家学者已有的研究成果建立评价指标体系,通过主成分分析法(PCA)筛选最终变量。第二,构建随机前沿成本函数模型,并对模型进行参数估计和显著性分析,找出对因变量贡献较大的自变量,同时拟合函数模型。第三,利用随机前沿成本函数模型测算36个样本地区新农合基金管理效率,并对其进行分析评价。第四,提出对策建议改善新农合基金管理效率。本文的主要研究结论包括以下几个方面：(1)参合农民人均基金实有额、基金使用率、住院费用补偿占比和门诊补偿人次占比4个解释变量通过模型检验,对被解释变量贡献较大。利用主成分分析法筛选出来的解释变量构建随机前沿成本函数模型,并对模型进行向后逐步回归分析和显著性检验,结果显示4个解释变量通过检验,对被解释变量贡献较大,按贡献大小依次为：参合农民人均基金实有额(弹性系数为0.75)、基金使用率(弹性系数为0.552)、住院费用补偿占比(弹性系数为0.173)和门诊补偿人次占比(弹性系数为0.08)。(2)经过效率测算发现36个样本县基金管理效率整体上处于良好状态。利用随机前沿成本函数模型对36个样本县新农合管理效率进行测算,结果发现36个样本县都存在不同程度的低效率,平均低效率指数为2.99%,低效率指数最大值和最低值分别为19.1%和0.002%，36个样本县基金管理效率整体上处于良好状态。36个样本县主要是以第一批和第二批新农合试点县为主,试点县在新农合发展过程经过一定时期的摸索,积累了丰富的经验,逐步形成了比较完善的制度和健全的机制。具体原因主要是：较高水平的参合率和不断提高的筹资水平,部分地区探索新农合有效的“管办分离”模式,采用“家庭账户”门诊补偿模式样本县逐渐减少,参合农民人均管理成