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自从中国大陆地区在2008年5月开始出现手足口病(HFMD)的爆发流行后，手足口病逐渐受到广泛的关注，其主要病原的研究也成为研究HFMD的主要热点之一。HFMD现阶段尚无有效的疫苗和治疗方法上市，因此对HFMD的流行特点、流行趋势及基因进化规律的进一步认识便显的尤为重要。同时我们利用建立的病原谱检测方法对一起厦门地区无菌性脑膜炎爆发中的病原谱进行鉴定和分析，为中国疾病的预防和控制提供了一定的帮助。
本研究中首先建立了肠道病毒的病原谱检测及鉴定程序和方法，依据HFMD的主要病原是EV71和CA16的特点，本研究分别设计了总肠道病毒、EV71、CA16的特异性诊断引物，同时评价5 UTR区对肠道病毒的初步分型鉴定能力，结果显示其具有较好的灵敏度和特异性，通过测序及进化分析可用于HFMD主要病原的分型鉴定。
本研究监测了厦门地区2009年01月-2013年02月连续4年多的HFMD流行特点及病原谱变化情况。结果显示，HFMD病例中男女比例为1.69∶1，男性感染数高于女性感染数，年龄最小的0.1岁，最大的37岁，0.5-4岁的年龄段占到所有病例的93.4％。厦门地区HFMD的主要流行季节为4-7月间，与全国的监测数据基本相符。病原谱分析结果显示厦门地区2009年-2013年间HFMD病例中存在多种肠道病毒的流行，且病原谱随时间周期变化，其中EV71在2010年和2012年为主要病原，CA16则是2009年的主要病原，其次则是EV71(14.2％)和CA10(7.2％);CA6则分别在2010年四季度到2011年1季度以及2012年四季度到2013年1季度这两个时间段占到主流位置，分别为48％和64.6％;CA10在2009年第3季度为除了CA16的第二大病原，占到11.4％。
通过对HFMD主要病原的分子进化分析显示，厦门地区流行的EV71、CA16和CA6均存在不同流行分支的同时流行，其中EV71的C4a亚型分为L1、L2和L3三个流行分支且随年份各传播链出现消长，最终L3成为绝的优势株，而CA16和CA6则不同分支同时流行而没有出现绝对优势株;CA10则只有一个传播链在厦门地区流行，提示其变异相对较少。
通过对监测系统的应用我们在2009年第一次在中国分离出EV71-B5亚型毒株，并随后在2012年监测到其流行。同时我们也在监测过程中报道了一次肠道病毒引起的无菌性脑膜炎爆发流行，并快速鉴定出其病原谱及主要病原E30的分子进化特征。