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根据2005-2011年嵊泗马鞍列岛国家级海洋特别保护区海域水质、养殖贻贝生物体调查资料，以及2007-2010年表层沉积物调查资料和2010-2011年浮游植物调查资料，分析了水体中溶解态无机氮(DIN)、活性磷酸盐(DIP)、硅酸盐（SiO3）、化学需氧量(COD)和溶解氧（DO）等水质指标的含量分布、该海域的有机污染程度以及富营养化程度；探讨了表层沉积物重金属元素（Cu、Pb、Cd、Hg、As）、有机污染物（有机碳、油类、PCBs、DDT）、硫化物和粪大肠菌群，以及贻贝生物体中重金属元素（Cu、Pb、Cd、Hg、As）含量分布和污染情况；研究了表层沉积物中重金属元素 Cu、Pb、Cd、Hg、As污染程度及潜在生态风险状况，以及浮游植物群落结构状况。结果表明： 以第一类海水水质标准评价，2005-2011嵊泗马鞍列岛国家级海洋特别保护区海域 DIN含量过高，超标严重，DIP含量偏高；年际变化上，DIN、DIP、SiO3和COD含量总体呈现上升趋势，DO则呈不规则波动变化；保护区海域海水水质有机物污染指数（A）值2005年最低，为1.78，开始受到污染，2006年、2007年和2009年为轻度污染水平，2008年、2010年和2011年为中度污染水平，春、夏、秋3季均为轻度污染水平；保护区海域海水富营养化指数（E）2005年最低，为0.49，呈贫营养水平，2006年、2007年和2009年呈中营养水平，2008年、2010年和2011年已达富营养化水平，春、夏2季为富营养化水平，秋季为中营养；2005-2011年保护区海域 N/P比值均高于Redfield（16︰1）比值，磷酸盐成为浮游植物生长的限制因子，N/P比值呈不规则年度变化趋势，从季度分布上看，N/P比值最大出现在春季，其次是夏季，最低出现在秋季。 以第一类海洋沉积物质量标准评价，2007-2010年嵊泗马鞍列岛国家级海洋特别保护区表层沉积物重金属元素（Hg、As、Cu、Pb、Cd）、有机污染物（有机碳、油类、PCBs、DDT）、硫化物和粪大肠菌群的含量符合标准；重金属污染指数从高到低排序为 Cu>As>Pb>Cd>Hg，Cu的污染指数较高，近4年来污染指数均大于0.70，2009年更是达到0.98；潜在生态危害指数法评价重金属污染程度由高到低依次为 As＞Cu＞Pb＞Cd＞Hg，As是该研究区域主要污染因子；2007-2010年，保护区 Hg、As、Cu、Pb和Cd5种重金属各自的潜在生态风险均为低，由大到小排序为 As>Hg>Cd>Cu>Pb，5种重金属的综合潜在生态风险水平也为低，年际变化则呈现不规则波动状态，2009年最大，达到30.22。 2005-2011年嵊泗马鞍列岛国家级海洋特别保护区海域贻贝生物体中5种重金属的含量大小排序为 Cu>Cd>As>Pb>Hg，Pb和Cd的含量均超一类海洋生物质量标准，最高超标 Pb为2.7倍，Cd为9.5倍；贻贝体内 As和Cd含量已超过中国农业行业标准“无公害食品：水产品有毒有害物质限量”标准，受到一定程度污染，应引起政府部门的高度重视。 2010年、2011嵊泗马鞍列岛国家级海洋特别保护区共鉴定浮游植物分别为2门23属44种、2门27属56种，硅藻门分别为18属36种、22属46种，甲藻门分别为5属8种、5属10种，硅藻在物种和细胞数量上占绝对优势；2010年和2011年保护区浮游植物平均细胞丰度分别为1.05×106个/L和364×106个/L；保护区海域浮游植物种类组成主要为甲藻门的角藻属、多甲藻属、斯克里普藻属、鳍藻属和夜光藻属，硅藻门的圆筛藻属、角毛藻属、海链藻属、根管藻属和菱形藻属等种类；通过对群落 Margalef丰富度指数、Shannon-Weaver多样性指数以及 Pielou均匀度指数的分析，总体上，可以认为嵊泗马鞍列岛海洋特别保护区海域生物多样性和丰富度较差，区域环境污染严重，生物多样性较差。