Cu2+在厌氧条件下对铁硫蛋白的影响

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目的:  通过微生物遗传学、生物化学与分子生物学等分析手段系统的研究,能够阐述Cu2+在厌氧条件下对铁硫簇组装的影响以及Cu2+对大肠杆菌毒性比在有氧条件下增大的机制,从而为铁硫簇组装机制和铜的杀菌机制研究奠定了重要的理论基础。  方法:  1. 厌氧条件下铜离子毒性增大的验证及铜离子实验浓度的选定。  1)Cu2+实验浓度的选定  配制不同Cu2+浓度的LB平板,在平板上滴加OD600=0.05的菌液,分别放在有氧和厌氧条件下37℃培养24小时,观察菌落状态及大小,初步验证厌氧条件下Cu2+毒性的增加及得到适合实验的Cu2+浓度。  2)生长曲线的绘制  在有氧和厌氧条件下通过终点法测定大肠杆菌在不同Cu2+浓度LB液体培养基中的生长曲线,将有氧和厌氧条件下Cu2+对细菌生长的影响量化,并得到实验Cu2+浓度。  2. 厌氧条件下Cu2+对多种铁硫簇组装影响的的验证。  2.1 [4Fe-4S]蛋白IlvD的表达,纯化及活性测定  1)设置四种实验环境,有氧不加Cu2+,有氧加200μM Cu2+,厌氧不加Cu2+,厌氧加200μM Cu2+。在四种条件下进行IlvD的表达。蛋白质经Ni柱亲和纯化。纯化后的蛋白用紫外-可见分光光度计进行全波长扫描分析,并进行蛋白浓度测定和SDS-PAGE电泳分析。  2)蛋白铁、硫、铜含量的测定  A.采用菲咯嗪法测定蛋白中的铁含量:在L-cysteine的作用下,蛋白样品中的铁释放出来并与菲咯嗪(Ferrozine)结合形成Fe-Ferrozine络合物,在564 nm处具有特征性吸收峰,其消光系数为27.9 mM-1cm-1,利用公式CFe=(OD564-OD700)*1000/27.9(单位:μM)求得铁含量。  B.采用DPD法测定蛋白中的硫含量:硫化物与FeCl3相互作用,DPD(Ndiethyl-p-phenylenediamie)作为显色剂,可在669 nm处形成特征性吸收峰,利用公式及硫的消光系数即可算得蛋白中的硫含量。由于硫的消光系数不稳定,以Nth(一种稳定的[4Fe-4S]蛋白)为阳性对照,用Nth计算硫的消光系数。根据公式计算硫含量: CS=(OD669-OD800)*1000/S消光系数(单位:μM)S消光系数=(OD669-OD800)*1000/Nth CSNth CS=Nth CFe=(OD564-OD700)*1000/27.9  C.铜含量测定参考Tutem的方法进行改进,160μL蛋白与10μL5 mMneocuproine(溶解在50%无水乙醇中)、20μL20% SDS和10μL5 mM维生素C混合,室温孵育30 min,离心,取上清测定。其在450 nm处具有特征性吸收峰,其消光系数为8.1 mM-1cm-1,利用公式CCu=(OD450-OD700)*1000/8.1(单位:μM)求得铜含量。  3)IlvD(二羟酸脱水酶)活性测定。  原理是IlvD催化底物D,L-2,3-二羟基-异戊酸产生具有240 nm吸收峰的产物(酮酸,消光系数为0.19 mM-1cm-1),利用分光光度计检测240 nm来反映产物的生成量,从而计算IlvD酶的活性。具体方法是取纯化后的IlvD10-20μL迅速加入含有50 mM Tris(pH8.0)、10 mM MgCl2和10mM底物的反应液中,37℃反应并监测240 nm的吸光度2 min,通过计算2 min内新生产物的生成量来得到IlvD的酶活力。  2.2 [4Fe-4S]蛋白Nth和[2Fe-2S]蛋白FhuF和YeaW四种条件下的表达纯化及全波长扫描分析,并进行SDS-PAGE电泳分析和铁、硫、铜含量的测定。  3. 厌氧条件下Cu2+对铁硫簇组装影响方式的研究。  在铁硫蛋白表达前加Cu2+处理,铁硫蛋白表达后洗去诱导剂然后再加铜处理。分别纯化蛋白,纯化后的蛋白进行全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及铁,硫,铜含量的测定。  4. 厌氧条件下Cu2+对在iscA突变菌和iscU突变菌中表达的Nth的影响。在iscA突变菌,iscU突变菌中表达纯化Nth蛋白,分四个实验条件,有氧不加Cu2+,有氧加200μM Cu2+,厌氧不加Cu2+,厌氧加200μM Cu2+。表达纯化后的蛋白进行SDS-PAGE电泳分析以及铁、硫、铜含量的测定。  5. 厌氧条件下Cu2+对IscA蛋白,IscU蛋白和IscS蛋白的影响。  5.1 IscA在有氧不加Cu2+,有氧加200μM Cu2+,厌氧不加Cu2+,厌氧加200μMCu2+条件下的表达纯化,全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及铁、硫、铜含量的测定。  5.2 IscU在有氧不加Cu2+,有氧加200μM Cu2+,厌氧不加Cu2+,厌氧加200μMCu2+条件下的表达纯化,全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及铜含量的测定。  5.3 IscS在有氧不加Cu2+,有氧加200μM Cu2+,厌氧不加Cu2+,厌氧加200μMCu2+条件下的表达纯化,全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及IscS活性测定。将纯化的IscS与L-cysteine、DTT在37℃条件下进行孵育, IscS可催化底物L-cysteine脱硫,在DTT存在的条件下形成H2S,H2S与FeCl3相互作用,DPD(N-diethyl-p-phenylenediamie)作为显色剂,可在669 nm处形成特征性吸收峰,利用公式及硫的消光系数即可算得蛋白中的硫含量,硫含量的多少可以直接反映IscS活性的大小。  6. 厌氧条件下IscA蛋白和IscU蛋白体内铜离子梯度结合研究。  在厌氧条件下设置不同浓度的铜离子梯度(0μM,50μM,100μM,200μM),进行IscA和IscU蛋白的表达和纯化,纯化后的蛋白进行全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及铁,硫,铜含量的测定。  7. 厌氧条件下IscA蛋白和IscU蛋白体外铜离子梯度结合研究。  7.1 在M9培养基中表达纯化IscA,制备apo-IscA蛋白。在体外条件下设置铜离子梯度(0μM,25μM,50μM,100μM,200μM,300μM),加入25μMBSA,25μM apo-IscA,2 mM DTT分别在有氧和厌氧环境下处理30min,并进行重新纯化,纯化后的蛋白进行全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及铜含量的测定。  7.2 在LB培养基中表达纯化IscU,制备apo-IscU蛋白。在体外条件下设置不同浓度的铜离子梯度(0μM,100μM,200μM,400μM,600μM,800μM),加入25μM BSA,25μM apo-IscU,2 mM DTT分别在有氧和厌氧环境下处理30 min,重新纯化,纯化后的蛋白进行全波长扫描分析,SDS-PAGE电泳分析以及铜含量的测定。  结果:  1. 平板37℃生长24h取出后,在有氧状态下,观察到野生MC4100在2 mM铜离子浓度下,菌落状态仍然正常。在厌氧条件下,200μM铜离子处理后菌落状态仍然正常,500μM处理后菌落若隐若现。通过平板实验看出厌氧条件下相同浓度的Cu2+对细菌生长产生了更大的影响。初步选取了200μM Cu2+浓度为实验浓度。在进一步的生长曲线实验发现,200μM Cu2+浓度在厌氧条件下对细菌生长影响不大,抑制了仅有20%。  2. 纯化后的[4Fe-4S]蛋白Nth(核酸内切酶Ⅲ)和IlvD(二羟酸脱水酶),[2Fe-2S]蛋白FhuF和YeaW进行全波长扫描结果发现,同样加200μM Cu2+,LB中诱导表达的[4Fe-4S]蛋白Nth和IlvD在厌氧条件下其铁硫簇的吸收峰(419nm)明显下降,对纯化后蛋白铁、硫含量测定及对IlvD进一步活性测验也显示同样的结果。而[2Fe-2S]蛋白FhuF和YeaW却没有明显下降。纯化后蛋白铁、硫含量测定也没有发生明显改变,初步得出结论:厌氧条件下200μM Cu2+对[4Fe-4S]蛋白毒性显著增强。  3. 在四个实验条件下分别从iscA突变菌,iscU突变菌和野生MC4100中纯化出Nth蛋白,通过全波长扫描发现同样加200μM Cu2+在iscA突变菌和iscU突变菌中表达纯化的Nth蛋白其铁硫簇的吸收峰(419 nm)几乎消失,对蛋白的铁、硫含量的测定也证实了该结果。  4. 在先加铜处理后诱导表达Nth蛋白及先诱导表达Nth蛋白后再加铜处理的实验中,通过全波长扫描发现,先加铜后诱导表达的Nth蛋白其铁硫簇的吸收峰(419nm)明显下降,而诱导表达后再加铜的Nth蛋白其铁硫簇的吸收峰(419nm)没有明显改变。说明了厌氧条件下Cu2+对[4Fe-4S]产生的毒性是影响了铁硫蛋白合成的通路,而不是对已经合成的[4Fe-4S]蛋白产生毒性。  5. 铁硫簇组装通路中的IscA,IscU和IscS(半胱氨酸脱硫酶)蛋白的全波长扫描发现IscA,IscU蛋白在厌氧条件下加200μM Cu2+,其Cu2+结合峰(258nm)明显升高,通过对蛋白铜含量的测定也显示同样结果。而IscS没有变化,其活性测定也显示没有影响。  6. 厌氧条件下,在LB中添加不同浓度的铜离子(0μM,50μM,100μM,200μM)表达IscA和IscU蛋白并纯化,对纯化后的蛋白进行全波长扫描分析其Cu2+结合峰(258 nm)逐渐升高,铜结合量也是逐渐升高。  7. apo-IscA和apo-IscU蛋白在体外铜离子梯度处理后,重新纯化,重新纯化后的IscA和IscU蛋白经过Cu含量测定,有氧条件下,显示IscA在加入200μM铜离子后曲线渐平,说明其铜离子结合量趋于饱和,每个IscA结合约2个铜。厌氧条件下在加入50μM铜离子后曲线就开始平缓,铜离子结合量趋于饱和,每个IscA结合约2个铜。IscU有氧条件下在加入400μM铜离子后曲线渐平,说明其铜离子结合量趋于饱和接近于每个蛋白结合1个铜。厌氧条件下在加入800μM铜离子后曲线仍然上升。  结论:  1. MC4100和Ecoii CusA-CopA-CueO-/MC4100在厌氧条件下对铜离子的敏感度都比有氧条件下对铜离子的敏感高。其中MC4100有氧条件下Cu2+浓度在2 mM时菌落仍然正常,但是在厌氧条件下500μM时细菌生长就已经完全抑制。  2. 厌氧条件下铜离子对铁硫簇的影响只体现在[4Fe-4S]铁硫簇的组装,而不影响[2Fe-2S]铁硫簇的组装。  3. 厌氧条件下铜能够有效的抑制LB培养基生长的E.coli中[4Fe-4S]铁硫簇的组装,但对已经组装好的铁硫簇没有明显的影响。  4. 厌氧条件下,在野生菌MC4100和iscA突变菌和iscU突变菌中各加200μM铜诱导表达出的Nth影响相差很大,在iscA突变菌和iscU突变菌中铁硫簇结合峰基本消失。  5. 厌氧加200μM铜时,IscA蛋白和IscU蛋白结合了比有氧相同条件下更多的铜。
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