论文部分内容阅读
目的研究ECEL1基因敲减对肝癌细胞基因表达谱的影响。方法1.人肝癌细胞(BEL-7404)分为2组,实验组(KD组):人肝癌细胞(BEL-7404)+ECEL1基因sh RNA慢病毒感染;对照组(NC组):人肝癌细胞(BEL-7404)+阴性对照病毒感染。2.Trizol法提取中的总RNA,纯化m RNA,2组m RNA分别逆转录合成荧光标记的c DNA混合物探针。3.荧光标记的c DNA混合物探针,与Gene Chip 3’IVT Express Kit(Affymetrix)杂交,经严格洗片后,扫描仪扫描芯片荧光信号图像,计算机软件数据处理,将所得的数据进行比较,得到两者间基因表达的差异信息。4.差异基因的筛选标准为:|Fold Change|>1.5且FDR<0.05,P<0.05,进一步的显著性差异基因筛选标准为:|Fold Change|≥2且FDR<0.05,P<0.05,并基于IPA进行经典信号通路分析、上游调控分析、疾病和功能分析及调控效应分析,明确相互作用网络的变化。结果1.按|Fold Change|>1.5且FDR<0.05,P<0.05的标准,实验组(KD组)与对照组(NC组)相比,共有差异基因共748个,其中371个基因上调,377个基因下调;按|Fold Change|≥2且FDR<0.05,P<0.05的标准,共筛选出显著性差异基因80个,其中显著性上调基因有34个,显著性下调基因有46个。2.基于IPA分析显示:实验组(KD组)与对照组(NC组)相比,实验组中April Mediated Signaling、HGF Signaling等19条信号通路明显被激活,p38 MAPK Signaling这1条信号通路明显被抑制,WNT3A、TGFB1等16个上游调控因子明显上调,actinomycin D、STAT3等30个上游调控因子明显下调,并且形成了一个复杂的相互作用网络。结论1.干扰人肝癌细胞(BEL-7404)ECEL1基因的表达,并利用基因芯片技术可筛选出ECEL1基因的敲减对人肝癌细胞(BEL-7404)差异表达基因的影响。2.基于IPA,对筛选出来的差异基因进行生物信息学分析,发现ECEL1基因的敲减对人肝癌细胞(BEL-7404)的经典信号通路、上游调控因子、调控效应及疾病与功能产生影响,并且形成了一个复杂的相互作用网络。3.该研究为进一步阐明肝癌发生、发展机制及治疗靶点提供实验依据,为进一步的研究提供实验基础。