凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）是目前养殖规模和产量最大的对虾种,年产值240亿美元。近年来因追求高产,高密度、过量饵料投放的养殖模式导致新的病害不断出现。近期的研究表明肠道菌群在影响病原菌定殖和提高宿主适应能力等方面具有重要作用,进而决定对虾的健康状况。因此,大量研究关注了影响对虾肠道微生物的环境因素。相比之下,对于生物因素,如环境来源和内部来源对肠道微生物群的影响知之甚少。在此背景下,本论文比较分析了健康和感染虾肝肠胞虫（Enterocytozoon hepatopenaei,EHP）疾病对虾肠道细菌群落的变化。同时,将环境和幼体肠道共生体作为成年个体肠道菌的源,运用溯源（Source Tracker分析）定量了外部和内部来源的微生物对对虾肠道细菌群落的相对贡献。为此,我们2019年在台州宏野对虾养殖场采集健康和感染EHP疾病的对虾样品以及幼年和成年阶段的对虾,养殖塘沉积物和水体样品分析细菌群落组成。同时测定对虾的生长性状,消化和免疫酶活。主要研究结果如下:（1）患EHP疾病的对虾体长和体重与健康对虾相比显著降低。与健康对虾相比,EHP对虾的溶菌酶和超氧化物歧化酶等免疫酶活性显著上升。（2）在无菌条件下解剖健康和患病对虾样品获得肠道和肝胰腺组织,肠道用于DNA提取,肝胰腺用于测定消化和免疫酶活。基于扩增子测序技术比较健康与患病对虾肠道细菌群落组成,结构方程模型探究了健康和感染EHP疾病对虾肠道细菌群落与生长性状以及消化和免疫酶活之间的相互关系,以及病害对肠道细菌种间相互作用关系和潜在功能的影响。结果表明,健康对虾肠道细菌群落α-多样性显著高于感染EHP疾病的对虾。肠道细菌群落结构形成不同的簇,健康状况之间存在显著差异。在EHP疾病影响下的肠道细菌群落和酶活性直接影响了对虾的生长性状。通过分析健康和患病对虾肠道微生物的种间相互作用关系,我们发现感染EHP疾病对虾的平均路径（6.34）和模块性（0.79）较低,平均聚类系数（0.23）和平均连接度（3.34）均高于健康对虾,表明感染EHP疾病对虾的种间相互作用更复杂,连接更紧密。用PICRUSt预测对虾肠道细菌的潜在功能发现,与健康对虾相比,患EHP疾病对虾的多种代谢途径,细胞生长与死亡,消化系统和免疫系统均显著降低。（3）为了分析对虾肠道细菌群落的来源,我们采集了幼年和成年对虾的肠道,养殖环境的沉积物和水样。通过指示值的方法筛选出每个阶段三种生境（肠道,养殖水和沉积物）中的指示分类群。利用三元图揭示了不同生境中优势及普遍存在的菌种（分类操作单元水平）。结果显示,三种生境中的优势门为变形菌门,拟杆菌门,厚壁菌门,放线菌门和蓝藻菌门。这些优势门的相对丰度在三种生境中存在显著差异。在两个养殖阶段,三种生境的变化趋势一致。相比之下,对于一个给定的优势门,其相对丰度在幼年和成年阶段的每个生境中都是相对稳定的。鉴于生境是影响细菌群落的一个基本因素,我们筛选了引起三种生境差异的指示种群。共鉴定出12个指示菌科,其相对丰度在不同生境中表现出不同的分布模式。对虾肠道,沉积物和养殖水之间以及对虾两个生命阶段之间的细菌群落结构存在显著差异。在两个养殖阶段,沉积物中的α-多样性最高,幼年阶段的肠道细菌多样性低于养殖水,成年阶段则相当。幼年和成年阶段的三个生境中分别只有三个（Alphaproteobacteria,Cyanobacteria,Bacteroidetes）和两个优势类群。相反,在两个阶段的每个生境中,有更多样的分类单元是生境特有菌种。（4）溯源分析（Source Tracker analysis）定量分析了幼年和成年阶段对虾肠道细菌群落的来源。利用结构方程模型（Structural equation model,SEM）探究了两个养殖阶段对虾肠道,沉积物和养殖水细菌群落之间的相互作用。结果表明,浮游细菌群落对对虾肠道共生体的贡献相对较小,在幼虾和成年虾中分别占比1.7%和3.0%。相比之下,沉积物中的细菌群落和幼体肠道菌群是成年肠道菌的主要来源,分别占比18%和66.7%。因此,幼年个体肠道微生物是成年对虾的主要来源,而在以前的研究中并未被认知。