本文主要研究两组肿瘤样本的差异甲基化位点检测问题。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,在细胞过程(包括基因调节,发育和疾病)中具有重要作用,并且在大多数类型的癌症中广泛出现调节异常。推断具有不同基因型或表型的两组肿瘤样本之间的差异甲基化Cp G位点是揭示肿瘤发生的表观遗传机制和鉴定癌症亚型的生物标志物的关键步骤。然而,肿瘤纯度作为混杂因素的主要来源,如果考虑不当,两组肿瘤样本之间的不均匀的肿瘤纯度分布将会导致差异甲基化位点的检测出现偏差。我们首先证明了肿瘤纯度对差异甲基化分析的影响是乘性的,其次在此基础上我们提出Infinium DM,一种广义最小二乘模型,用于调整差异甲基化分析中的肿瘤纯度效应。我们的方法适用于各种实验设计,包括有或没有正常对照,不同的正常组织污染源。我们使用模拟数据集将我们的方法与传统方法进行比较,包括minfi,limma和用肿瘤纯度校正后的limma。我们的方法在不同水平的差异甲基化阈值,样本大小,平均纯度偏差等不同场景下均明显表现出更好的性能。我们还在实际数据上做了一系列验证以评估所提方法的性能。总体而言,模拟和实际数据分析均说明所提方法优于现有的具有相似用途的方法的良好性能。