【目的】　　阐明新医改形式下上海综合型医院发展现状及分析病种绩效指标差异。　　【方法】　　收集整理2011-2015年上海市八家三级综合性医院各类经济指标数据进行统计分析，采用数据包络分析（DEA）方法分析综合性医院运营效率；以心血管疾病和消化系统肿瘤疾病中需要手术的疾病为例，选取4个住院病种的绩效考核指标，分析病种绩效差异。　　【结果】　　八家医院累计门急诊人次和出院人次每年稳步增长，平均住院日逐年递减少；医院总收入和总资产平均每年增长9.68%和7.80%。DEA数据包络分析软件投入产出要素进行分析发现DEA有效医院有六家，两家医院非DEA有效。通过住院病种绩效差异发现，急性心肌梗死行支架术中卫生材料费用占主要组成部分为65.54%，冠状动脉旁路移植术平均住院天数和术前等待天数均高于急性心肌梗死行支架术为24.03天和7.75天。在不同部位的消化道肿瘤手术中，结直肠恶性肿瘤术两年病例数略高于胃部恶性肿瘤，均次费用比胃部恶性肿瘤高达51942.38元。　　【结论】　　上海市三级综合性医院整体运营情况良好，但医院负债和资产负债呈增长趋势，从资产安全性角度来看，医院的财务压力较大；同时需要注意控制医院规模和投入，降低运营成本，实行分级诊疗制度，实现低成本高效率的管理，进而体现综合性医院的公益性。