在我国现有的烟草种植体系中,烟草连作已经成为一种不可忽视的种植模式。然而,烟草长期连作会导致植烟土壤原有的生境发生改变,引发微生物群落结构多样性降低,微生物的结构和功能改变,病虫害加重;影响土壤的养分供应的状态,影响土壤酶系活性,进而影响烟株的正常生长发育,导致烟叶质量变劣。所以,规范烟草的种植的种植制度,减轻烟草连作所带来的危害就显得非常重要。因此,本研究以烤烟为研究材料,设置烤烟连作、烤烟轮作和烤烟套作这三种种植模式,利用PCR-DGGE等分析技术和手段,对三种种植模式下烤烟土壤中的微生物多样性、土壤酶活性、土壤养分以及对烟株的生长、烟叶的质量产生的影响进行了分析,结果表明:（1）烤烟连作土壤中的微生物群落多样性较差,而轮作和套作处理的土壤微生物群落多样性较为丰富,且与烤烟连作处理土壤中微生物群落结构的相似性较低。套作模式下的2种处理的土壤微生物多样性表现相差较大,其中最好的处理是烟薯套作,而烟麦套作处理则表现较差,仅略优于烤烟连作处理。轮作模式下的3种处理之间的土壤微生物群落多样性之间的差异较小。3个轮作处理之间以及2个套作处理之间土壤细菌群落结构较为相似,轮作和套作处理之间的群落结构也具有差异。（2）连作烤烟根际土壤细菌数量、真菌数量和放线菌数量都处于一个比较低的水平,土壤微生物总数综合来说最低;土壤p H值和有效磷含量都是最高的,而有机质、碱解氮和有效钾的含量则是最低。三种轮作方式中,烤烟-大豆轮作的烤烟根际微生物数量是最多的,其次是烤烟-辣椒轮作处理。在土壤养分方面,烤烟-大豆轮作的土壤有机质和碱解氮含量是最高的,烤烟-玉米轮作的土壤碱解氮含量仅次于烤烟-大豆轮作,土壤养分相对比较均衡的烤烟-辣椒轮作处理。套作处理中的烟薯套作则土壤养分较为均衡,土壤微生物数量也是较多,而烟麦套作处理的土壤微生物数量偏少,土壤有机质和有效磷含量较高,土壤碱解氮和速效钾含量却较低,土壤养分不均衡。（3）烤烟连作处理的土壤蔗糖酶、脲酶和蛋白酶的活性最低,酸性磷酸酶的活性却最高。三个轮作处理中,烤烟-大豆轮作处理的烤烟土壤蔗糖酶、土壤脲酶和土壤蛋白酶的活性最强,其次是烤烟-辣椒轮作,最差的是烤烟-玉米轮作处理。在两个套作处理中,其中烟薯套作处理的烤烟土壤酶活性整体较为均衡,均处于中等水平,而烟麦套作处理的烤烟土壤酶活性同样较不均衡。但整体来说轮作和套作都有助于均衡土壤酶系活性,均衡土壤养分供养,有利于烟株的生长发育。（4）连作烤烟的叶片的物理特性以及化学成分均较差,致香物质成分的含量较少。烟薯套作处理的烟叶香气质量上的表现却是最好的。烟麦套作处理的烤烟烤后烟叶中氯含量最高,钾氯比最低;叶片偏小,单叶重偏轻,烟叶质量较差,但优于连作烤烟。在三个轮作处理中,烤烟-大豆轮作处理的烤烟长势最旺,其次是烤烟-辣椒轮作,最差的是烤烟-玉米轮作处理。在烟叶质量上,烤烟-辣椒轮作处理烟叶的质量最好,烤烟-大豆轮作处理烟叶的烟叶质量最差。但在烟叶香气物质含量的表现上,最好的反而是烤烟-辣椒轮作,最差的是烤烟-大豆轮作。总的来说,烤烟轮作和套作能够丰富土壤的微生物群落多样性,改善土壤生境,均衡土壤养分和酶系活性,促进烟株生长,提高烟叶质量。但同时也要选择合适的作物作为轮作和套作对象,这样才能更好提高烟叶的质量,打破连作障碍,促进烟草的可持续发展。