近些年来，面对世界范围内兴起的新技术革命的挑战和全球性的经济、军事、政治竞争，世界各国纷纷研究对策。人们把目光投向教育，把希望寄托在高等教育的改革和未来人才培养上。胡锦涛总书记在清华大学百年校庆大会讲话中指出“不断提高质量，是高等教育的生命线，必须始终贯穿高等学校人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新各项工作之中”。特别是近些年来，世界高等教育的改革正呈现以下几个趋势,即结构多样化，学科综合化，科研、教学、生产一体化，这些都与项目教学的宗旨不谋而合。高性能计算是以提高科学计算能力为目的的计算机集群技术，作为一个国家综合国力的重要标志，近些年来面向各领域的高性能计算应用越来越广泛，但具有较高研发能力以及跨学科知识的综合型应用人才却成为我国高性能计算发展的巨大障碍。研究者尝试在项目教学的理论指导下从现有国内外高性能计算人才培养的现状出发，探索使用项目教学的方法培养面向应用的高性能计算人才，以克服我国高性能计算发展的瓶颈。本文的主要研究内容是“项目教学法在高性能计算教学中的应用研究”。从项目教学的理论基础入手，对项目教学的内涵进行了系统的分析。将高性能计算与具体应用学科-生物信息学相结合，设计面向应用的项目教学案例，组织计算机和生物学专业的学习者通过一学期的学习得出以下结论：项目教学法应用于高性能计算教学中不仅对于提高学习者主动获取知识的意识，创新思维、团队协作能力的效果良好，并且对于培养跨学科综合型的高性能计算应用人才具有显著作用。