海峡两岸的经济合作已发展至不可逆转阶段，而农业由于其特殊性，一直是两岸经济合作中备受关注的领域。系统地总结并反思海峡两岸农业合作的历程，对推动两岸农业交流与合作有现实意义，并对促进相互了解、相互信任、相互依赖基础上的祖国和平统一有积极意义。 2001年底中国大陆与台湾先后加入了世界贸易组织，由此两岸农业都将面对国际农业的激烈竞争。现今两岸农业发展处于不同的层次，农业资源禀赋差异很大，大陆拥有丰富农业资源和相对低廉农业劳动力，而台湾农业在资金、技术等方面都比大陆略胜一筹，这使海峡两岸农业具备广阔的合作空间。两岸农业交流与合作，不论是在广度上亦或深度上都已取得很大的发展，农业合作带给双方的经济实效令人鼓舞。尤其福建地区长期以来一直是两岸农业交流与合作的重镇，福建在对台农业科技交流以及农业经贸合作等方面，其规模、层次、水平都跃居于大陆各省前列。 但是无论是两岸农业合作还是闽台农业合作，都暴露出了合作规模小，合作层次低等问题。因此，许多经济学家和政府官员开始思考如何在现有的基础上开创两岸农业合作新的发展思路，解决两岸农业合作中所遇到的问题，尤其是目前两岸在贸易、投资和资源配置等领域存在的问题，开创两岸农业合作新的发展空间。“共同市场”机制就是其中一个思路。 但由于目前两岸政经体制与经济及农业发展程度的差异，尤其是政治上的分歧，“两岸共同市场”很难一步到位，于是笔者提出以阶段性的交流合作确切掌握两岸“互补互利”的整合契机，并进而以建立“两岸共同市场”为目标，提出两岸农业阶段性交流合作及整合的近、中、远程原则及目标以及当前深化两岸农业合作的建议。 考虑到福建的地理优势和良好的经济合作基础，可以先行建立“闽台共同市场”作为“两岸共同市场”的先锋，以推动闽台农业发展。