戈登氏菌WQ-01和WQ-01A的“4S”途径相关酶的计算机模拟

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首先,采用同源模建的方法构建出两株菌的脱硫酶的三维结构,选择的模板分别为DszA(1TVLA),DszB(2DE2),DszC(1IVH),它们与模板的同源性分别为39%,87%,25%。 其次,通过分子动力学模拟的方法研究了关键酶DszB与底物HBPS的相互作用。我们从蛋白稳定性,蛋白与小分子之间的氢键作用,蛋白表面电荷分布以及结合能等方面证明了,WQ-01的DszB蛋白一级结构的改变,确实使得改蛋白在空间结构,蛋白稳定性以及蛋白活性上均发生了变化。这些变化即为WQ01A脱硫能力增强的原因。 再次,采用分子对接的方法预测了DszA,DszC酶的活性位点,分别为DszA,Arg447和Gln451;目前,DszC的活性位点还不能用计算的手段算出来。 最后,完成了原始菌dszC基因的异源表达工作。选择Sac Ⅰ和HindⅢ为酶切位点,经双酶切后用T4 DNA连接酶将dszC基因片段连接到表达型质粒pET-28a上,构建出重组质粒pDC。再将pDC转化到宿主BL21(DE3)大肠杆菌中,得到基因工程菌株WQ0lC。WQ01C经IPTG诱导后得到45kDa大小的目的蛋白。
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