民族分离主义和宗教极端主义是当今世界各国面临的巨大挑战。更为严重的是,在一些地区,这两大威胁有逐渐合流的趋势,造成的威胁更为严峻。对民族分离主义的宗教极端化研究需要分别从民族分离主义和宗教极端主义两条逻辑进行:一条是民族分离主义的演变逻辑,一条是宗教极端主义的演变逻辑。民族分离主义宗教极端化的最终结果是民族分离主义转化为宗教极端主义。从理论上来看,宗教极端主义的形成大致经历了从温和、激进再到极端的过程。宗教极端主义的演变既有意识形态上的变化,也需要现实的政治力量作为载体,民族分离主义即是这种载体之一。东南亚的民族分离主义都是处于少数族群地位的穆斯林群体的民族分离主义,其宗教极端化具有典型性。东南亚民族分离主义宗教极端化的机理是部分激进派受宗教极端主义的影响,从民族分离主义转变为宗教极端主义。从全球民族分离主义演变的角度来看,民族分离主义内部的分化为其宗教极端化提供了组织和人员基础,而宗教极端主义的传播则促进了民族分离主义宗教极端化过程的完成。民族分离主义的温和派大多主张与政府展开对话与谈判,甚至还达成了一定程度的和平协议,以更多的自治权或者建立民族自治机构为目标;而激进派则继续谋求建立独立的、以穆斯林为主体的“伊斯兰国家”;少数激进派及极端派则接受了伊斯兰极端主义思想,谋求建立政教合一的独立国家,主要手段是恐怖袭击。从社会层面来看,东南亚民族分离主义的宗教极端化呈现出社会建构的特点。东南亚民族分离主义宗教极端化的社会基础主要是当地穆斯林社会的保守化倾向。这种倾向通过政治伊斯兰的方式影响政治力量的诉求。一些民族分离主义借助政治伊斯兰宣扬其政治主张,号召激进和极端的民族分离主义建立政教合一的“伊斯兰国家”,进一步促进了东南亚民族分离主义的分裂。在意识形态方面,东南亚民族分离主义多以世俗的民族主义为旗帜,其核心要义是民族自决,但民族自决实际上建构了基于不同政治身份的族群在政治上的对立;在泛伊斯兰主义、伊斯兰主义的影响下,这种政治上的对立被建构为基于宗教身份的对立与冲突,并且被不断强化,民族分离主义中的激进派随之产生。激进派中的许多领导人曾经在中东地区接触了一些激进和极端的思潮,甚至直接直接参与了一些激进和极端组织的活动,他们将宗教极端主义与本国的民族分离主义结合起来,以宗教为旗帜和工具,主张以“圣战”等极端方式建立政教合一的神权国家,进而完成了民族分离主义的宗教极端化。在斗争手段方面,民族分离主义的手段多种多样,且不排除和平手段;而宗教极端主义则主要是恐怖袭击,其目标既有政府目标,也有无辜平民。在最终目的上,民族分离主义者寻求建立的一般是世俗的民族国家,而宗教极端主义则谋求建立政教合一的、严格实行伊斯兰教法的国家。东南亚民族分离主义的宗教极端化以泰国和菲律宾最为严重。两国民族分离主义在发展过程中出现了分化;激进派在伊斯兰主义、伊斯兰极端主义影响下,逐渐完成了宗教极端化过程,其直接结果是两国的民族分离组织分裂出来了数个宗教极端组织。两国的民族分裂型宗教极端组织在人员组成、斗争方式、资金来源等方面存在一定的差异,但都对泰国和菲律宾的国家安全与地区安全构成了严重威胁。