植物在长期的自然选择过程中，为克服极端盐环境，已进化出一套在细胞、组织、器官水平响应盐胁迫的信号传导和代谢调控网络。在植物对盐胁迫响应机制中，miRNA研究仍较缺乏，多数停留在调查miRNA基因在各种非生物胁迫下的表达差异并筛选出其中的差异表达miRNA基因的初级阶段，很少涉及靶基因相互作用研究，特别是miRNA与mRNA作用网络的研究。花花柴(Kareliniacaspica)是一种广布于我国西北各省半干旱盐碱地上的菊科花花柴属多年生牧草，具有极强的脱盐能力，因此，揭示花花柴响应盐信号的机制具有潜在价值。本研究拟通过高通量测序的方法，经生物信息学分析，尝试构建miRNA与mRNA的作用网络，并对miRNA与靶基因相互作用进行分子生物学实验分析。本研究有助于进一步深入揭示植物对于胁迫逆境的响应的调控基础，并为高效的遗传工程策略提供可靠的信息支持。研究表明，花花柴在300mMNaCl胁迫下相对于对照组具有显著的基因调控改变，样本间存在明显的基因表达值的分布差异，与对照组相比，处理组unigene上调96,567个，下调49,116。在GOterm和KEGG富集方面也存在极显著的差异变化；进一步分析miRNAs表达量表明，盐胁迫处理花花柴，使得23个miRNA家族的71个miRNAs成员相对于对照组呈现极显著变化，且靶基因的功能聚类同样表现出明显差异；研究还通过映射拟南芥基因互作网络，分析了花花柴miRNAs-mRNAs互作网络结构，同时还分析了非生物胁迫逆境相关的基因调控关系网络，旨在进一步揭示植物逆境生理响应。结果表明，相对于对照组，花花柴在NaCl胁迫下，miRNAs及其相关的基因表达及基因调控网络(特别是抗氧化酶系统相关基因网络)存在明显差异，miRNAs与靶基因的表达存在相关性。本研究通过miR-RACE技术确证了11个miRNAs在花花柴中的序列，同时利用RACE及RLM-RACE克隆和分析了miRNAs的靶基因和miRNAs在靶基因上的剪切位点,表明miR164、miR394及miR398通过降解靶基因CUC2、F-box及CSD2的mRNA水平调控基因表达；利用qRT-PCR技术分析11个miRNAs在花花柴不同器官组织和胁迫逆境下的表达模式，表明花花柴miRNAs及其靶基因受盐胁迫诱导表达，各组织调控模式不一致，存在组织特异性，可能与植物的逆境适应有关。研究获得的22个pre-miRNA及大量的信息资源，为进一步研究花花柴的逆境适应提供了信息和方向支持。