EBV-IM肝功能损害患儿临床特点分析及外周血lncRNA和mRNA表达差异的初步探索

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[目的]了解 EB 病毒传染性单核细胞增多症(Epstein-B arr virus-infectious mononucleosis,EBV-IM)肝功能损害患儿的临床特征,通过转录组测序技术筛选EBV-IM肝功能损害患儿外周血差异表达的长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及信使RNA(Messenger RNA,mRNA),初步探讨EBV致肝损害的相关信号通路,发掘lncRNA在EBV致肝损害发病机制中的潜在作用。[方法]1.回顾性分析苏州大学附属儿童医院2018年至2021年期间住院的713例EBV-IM患儿的性别及年龄特征等一般情况、发热及肝脾肿大等临床表现和血常规、细胞免疫、体液免疫等实验室检查结果,按照肝功能是否有损害、肝功能损害程度分析探讨EBV-IM肝功能损害患儿的临床特点。2.收集苏州大学附属儿童医院感染科住院治疗的EBV-IM肝功能损害患儿与EBV-IM无肝损害患儿各3例急性期外周血样本,分别提取各样本外周血总白细胞中的RNA,质检合格后进行转录组测序,再利用GO Database、KEGG Database对差异表达的lncRNA及mRNA进行GO富集分析、KEGG富集分析,并对相关通路的lncRNA及mRNA进行共表达分析,然后筛选相关性高的基因对其进行miRNA靶向预测,构建lncRNA-miRNA-mRNA网络。最后采用实时荧光定量 PCR(Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction,qRT-PCR)技术在EBV-IM肝功能损害患儿与EBV-IM无肝损害患儿各8例急性期外周血样本验证,以确保测序结果的可靠性。[结果]1.本研究共入组713例EBV-IM患儿,其中ALT升高的患儿429例(60.2%)。女童发生肝功能损害比例(66.6%)高于男童(55.8%),肝功能损害组患儿发热平均时间[5.7(3.0,8.0)天]长于肝功能正常组患儿[4.9(3.0,6.0)天],同时肝功能损害组发生肝肿大、脾肿大的比例(53.6%,52.7%)高于肝功能正常组(43.0%,40.1%),差异均具有统计学差异(P<0.05);学龄期儿童的发生肝损害的比例(75.2%)高于婴幼儿(49.7%)、学龄前期儿童(56.9%),差异均具有统计学意义(P<0.017)。2.实验室检查方面,EBV-IM肝功能损害组患儿的白细胞、淋巴细胞比例、淋巴细胞计数、异型淋巴细胞比例、铁蛋白、乳酸脱氢酶、CD3+、CD3+CD8+、IgA、IgG、IgM均显著高于肝功能正常组,肝功能损害组患儿的C反应蛋白、CD3+CD4+、CD4+/CD8+、CD3-CD19+、CD19+CD23+、补体C3、补体C4均低于肝功能正常组,差异具有统计学意义(P<0.05)。429例EBV-IM肝损害儿童中,ALT中度升高组患儿的淋巴细胞比例、CD3+、CD3+CD8+、IgA、IgG、IgM均显著高于轻度升高组;中度升高组患儿的CD4+/CD8+低于轻度升高组。ALT轻度升高组患儿的CD3+CD4+、CD3-CD19+高于中度升高组、重度升高组,差异具有统计学意义(P<0.017)。三组患儿乳酸脱氢酶、铁蛋白中位数比较均表现为ALT重度升高组>ALT中度升高组>ALT轻度升高组,差异具有统计学意义(P<0.017)。相关性分析结果显示ALT与CD3+、CD3+CD8+、IgA、IgG、IgM 正相关,与 CD3+CD4+、CD3-CD19+、CD19+CD23+、C3、C4负相关,差异具有统计学意义(P<0.05)。3.本次转录组测序研究发现,EBV-IM肝功能损害患儿与EBV-IM无肝损害患儿外周血中共555个lncRNA存在差异表达,其中有320个表达上调,235个表达下调。另外共有139个差异表达的mRNA,其中有62个表达上调,77个表达下调。4.对差异表达的lncRNA及mRNA进行GO分析,差异表达的lncRNA临近基因在EBV致肝损害生物学过程分类下前10位的生物信息依次为亮氨酸输入、色氨酸转运、L-α-氨基酸跨膜转运、氨基酸转运、泛素依赖的蛋白质通过多囊体分选途径的分解代谢过程、对外源dsRNA的反应、T细胞共刺激、刺激C型凝集素受体信号通路、细胞生长、白细胞迁移。差异表达的mRNA在EBV致肝损害生物学过程分类下前10位的生物信息依次为细胞周期停滞、解剖结构形态发生、细胞因子介导的信号通路、蛋白质折叠、轴突引导、细胞外基质组织、凋亡过程、细胞增殖负调控、免疫应答、G-蛋白受体偶联信号通路。5.对EBV-IM肝损害患儿与EBV-IM无肝损害患儿差异表达的lncRNA及mRNA进行KEGG分析。差异表达的lncRNA及mRNA均在信号转导通路、免疫系统、感染性疾病相关通路发挥重要作用。在这三种通路中先进行差异表达lncRNA临近基因数目大于2的Pathway条目筛选,再进一步筛选出与KEGG富集气泡图存在交集的Pathway条目为8条:NF-κB信号通路、mTOR信号通路、B细胞受体信号通路、T细胞受体信号通路、EB病毒感染、单纯疱疹病毒感染、麻疹、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染。6.从上述找到的8条Pathway条目中,筛选差异表达mRNA在三种通路共有的Pathway条目,最终筛选出mTOR信号通路、EB病毒感染这2条关键Pathway。对2条关键Pathway中的22个差异的lncRNA与2个mRNA与进行共表达分析,挑选相关系数≥0.7,且p值≤0.05的关系对。最终筛选出8个lncRNA(ENST00000540865、NR152584.1、ENST00000452728、ENST00000415195、ENST00000518528、ENST00000605919、NR152577.1、TCONS00029307)和 2 个mRNA(CXCL10、WNT2B)。再对lncRNA-mRNA共表达网络中的8个lncRNA和2个mRNA进行miRNA预测,发现有7个lncRNA与2个mRNA存在共同的miRNA,筛选出两者交集的miRNA为667个。再利用Cytoscape软件预测出这7个lncRNA结合潜力最高的前5个miRNA。最终我们绘制了 lncRNA-miRNA-mRNA模式的ceRNA调控网络,此网络中共包含7个lncRNA,32个miRNA,2个mRNA。7.随机选取差异表达的3个lncRNA(2个上调和1个下调,分别为XR001746688.1、XR926994.2、NR145975.1)和 3 个 mRNA(3 个上调,分别为 ITGA1、PELO、DHCR24)在EBV-IM肝功能损害患儿与EBV-IM无肝损害患儿各8例急性期外周血样本中采用qRT-PCR技术验证。结果显示3个lncRNA和3个mRNA的qRT-PCR验证结果与转录组测序结果均为趋势一致,其中XR926994.2、NR145975.1、ITGA1、PELO趋势一致,且具有统计学意义(P<0.05)。上述结果证明了测序数据的准确性。[结论]1.EBV-IM女童发生肝损害的比例高于男童;学龄期儿童发生肝损害的比例高于婴幼儿、学龄前期儿童。EBV-IM肝功能损害患儿的临床表现缺乏特异性,但是对于发热时间长,有肝肿大、脾肿大、外周血异型淋巴细胞明显增高的患儿更需关注肝损害的发生。2.细胞免疫紊乱及免疫球蛋白升高在EBV-IM肝功能损害患儿中改变更为显著,且与ALT水平具有一定的相关性。3.EBV-IM肝功能损害患儿的外周血中存在差异表达的lncRNA及mRNA,LncRNA可能通过免疫系统相关通路、信号转导通路参与EBV致肝损害的发病过程。4.构建的 lncRNA-miRNA-mRNA 网络中,ENST00000452728 可能与 hsa-miR-153-5p吸附,靶向调控CXCL10的表达;NR152584.1可能与hsa-miR-6854-5p吸附,靶向调控WNT2B的表达,从而参与EBV-IM儿童肝损害的发病过程。
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