癌症是一种复杂的多阶段疾病，基因突变、拷贝数的改变、microRNA和表观遗传学等因素的改变都能导致癌症的发生。DNA甲基化是表观遗传学最主要的一种形式，异常的DNA甲基化在癌症的发生过程中起着至关重要的作用。随着高通量技术的发展，DNA甲基化芯片已被广泛地应用于癌症研究中。识别癌症中的异常DNA甲基化基因不仅可以帮助了解癌症发生的生物学机制，且有利于癌症的诊断和治疗。在过去关于生物学标记的研究中，同种癌型的不同实验中发现的生物学标记的交叠比例通常都很低，因此在运用DNA甲基化作为疾病标志前需要对其重复性进行充分的评价。有工作提出虽然基因标记本身不交叠，但是它们可能都影响相同的生物学功能。故在评价差异甲基化基因重复性时，我们认为应考虑基因在生物学功能上的一致性而非表面上的交叠基因所占的比例。另外，已有研究发现癌症中高低甲基化是相互独立的过程，但是基因启动子区域的异常低甲基化的生物学功能还不明确，所以我们分开研究高低甲基化作用的功能差异。本文首先从位点和基因两个层面，对两套结肠癌甲基化数据找到的差异甲基化基因重复性评价，发现直接的差异甲基化标记重复性不高，但是它们的改变方向高度一致；接着，我们从功能的角度出发，设计了功能重复性指标POE值评价差异甲基化基因列表的可重复性，发现差异甲基化基因具有高度的功能可重复性，该结果说明在功能水平上评估差异甲基化基因的一致性具有合理性；最后，通过对高低甲基化基因富集功能的比较，我们发现结肠癌基因组中的高甲基化基因主要影响发育过程，而低甲基化基因则主要影响免疫和应激反应。