我国的小农水工程对农业以及生态环境有着极为重要的意义,但农田水利设施管护主体缺位、工程性缺水以及工程利用效率低下等问题长期存在。对于如何解决该类问题,有很多学者做了研究,但是缺乏一定微观层面的实证研究做支撑。从微观层面以小农水工程为样本进行分析来找寻解决办法,对理清产权、管护现状与改革路径有现实意义。笔者通过对我国小农水产权制度变迁、管护利益相关者、现有主要管护模式、管护激励机制以及筹资模式进行归纳总结,并结合小农水产权制度改革与管护机制创新试点重庆云阳县的实地调研与走访,运用聚类分析方法与DEA分析方法构建模型,研究不同管护模式的效率,以及不同模式的特征。结合分析结果与云阳实地调研信息提出了改革的六点对策建议。改革首先要进行产权权属的界定;接着深入分析公共产品的特征;对不同分类工程用不同管护方式进行管理;然后利用政府购买服务形式妥善解决资金不足问题;并畅通建管一体化机制;最后保证政府在私营化后的监督职责。结果表明:承包管护下小农水工程的运行效率要明显高于集体管护20个百分点,并且工程规模、蓄水量直接影响管护模式:规模大,蓄水量高的堰塘农户更倾向于承包,而规模小,蓄水量小的堰塘无人愿意承包。本文创新之处在于运用聚类分析与DEA分析方法对微观工程指标进行分析,对承包与集体管护下工程的运行效率进行了对比,实证分析证实私营化是解决部分公共物品外部性与“搭便车”问题的有效方法。