伴随社会和经济的飞速发展，政府主导的基本建设项目在规模和数量上不断增加。“代建制”作为中国政府投资项目新推行的管理方式，在社会基础建设工程领域得到广泛地应用，随着政府推行力度的加大，“代建制”在我国工程建设项目所占比例也越来越大。选择合适的项目治理模式是基本建设项目成功建设的基础与前提。从目前中国代建制运行的管理实践情况来看，在代建制模式下的治理结构与治理机制上还存在不少问题，例如：缺少对代建人与代建项目进行有效的综合评价；缺少在代建项目内部管控上的有效监督；缺少让各个利益主体尽到应尽职责的规范等。规范代建制运行模式，规范代建制市场，使其发挥最大的社会效益功能等，才能尽可能的减少政府资金流失，提高资金利用率，提升工程建设效率，是代建制管理模式需要实现的社会目标。在当前的情况下，我国很多地区都在推行“代建制”，其实践所总结的经验也逐渐丰富。如何建立一套科学、有效的政府基本建设项目代建制评价体系，对代建项目进行客观、公正、准确地评估，对代建制的推行有着很大意义。选择最合适的代建人进行项目工程建设，对代建的工程项目实施过程进行综合评价，确保项目的各个治理层处于可控状态；根据代建评价结果进行有效的激励与惩罚措施，规范代建人市场秩序，都关系到基本建设项目代建制实施能否取得成功的重要因素。本文对基本建设项目代建制的现状进行分析，在代建制理论研究总结归纳，基于项目治理理论对我国现行的政府基本建设项目治理模式进行分类，重点对代建制基本建设项目的项目评价治理指标体系和评价方法进行研究。从系统分析之角度提出项目治理评价指标体系，介绍如何通过AHP-FCE层次分析与模糊层次分析法相结合，运用数理推算得出相对更准确的权重，再结合模糊综合评价法对基本建设项目治理模式进行评价，最后专家针对案例对基本建设项目治理水平展开评价，有效地解决了政府基本建设项目的科学评价问题。