计算机技术的发展已经逐步深入到社会各行业、各领域的实际应用中，对于信息化发展的促进作用，发挥着核心作用。医院信息化主要体现在信息系统的建设质量上，它是医药卫生信息系统的重要组成部分，其在医院信息化建设中占据非常重要地位。由于目前医院信息系统构建阶段、步骤不同，导致同一所医院所构建的医院信息业务系统源自于不同的平台，致使系统难于交互，大量数据信息共享困难。由此也导致了医院数据异构、系统平台不易管理等问题的出现。本文针对医院信息化建设的实际情况，结合部分医疗管理流程，通过分析面向服务架构技术以及相关的其它核心技术内容，将其应用到医院信息系统集成中。对医院信息系统框架与分类规范进行相关研究，在构建医院信息系统集成架构中，将其业务分为三个主要构成部分，分别是医院管理信息系统、医院临床信息系统、医院服务信息系统。经过详细分析，将这三部分系统业务整合，构建基于SOA的医院信息系统集成架构，在此基础上，以新农合信息系统为例，将其与医院信息系统的互联，实现数据同步与共享。最后，给出医院信息系统总体架构，并分析新农合信息系统，描述设计与实现过程，给出接口设计方案及主要的数据表结构说明，结合SOA方法，将新农合新系统业务整合在医院信息系统的统一系统架构下，完成医院信息系统集成。通过SOA架构思想，在现有系统的基础上完成SOA设计，该过程对医院信息系统的快速发展与信息化的稳步前进有着重大的作用与意义。